Difference between revisions of "Shiga 2015 Workshop"

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=English Version |  [http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Iwate_2013_Training#Japanese_Version Japanese Version]=
 
  
 
==Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer==
 
==Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer==
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'''Ultrasound Workshop at Iwate Medical University, April 10-11, 2013'''
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'''xxx Workshop at Shiga University of Medical Science, March 26, 2015'''
  
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[[image:Iwate2013.JPG |300px|right]]
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The objective of this workshop is to learn...
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The objective of this workshop is to learn to use [http://www.slicer.org 3D Slicer] in medical research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and practice diffusion tensor imaging (DTI) tractography, and image segmentation using real clinical data. They will first be taught how to use the [http://wiki.slicer.org/slicerWiki/index.php/Documentation/4.2/Modules/Editor#GrowCutSegment Grow Cut Segmentation] and [http://wiki.slicer.org/slicerWiki/index.php/Documentation/4.2/Modules/LabelStatistics Label Statistics] Slicer modules using ordinary clinical ultrasound images. Attendees will be given a lecture by an expert in 3D Slicer using a Japanese language version of the tutorial slides. The workshop will be followed by a demonstration by an IGT researcher from [http://www.brighamandwomens.org/ Brigham and Women's Hospital] modifying 3D Slicer to tailor its use to clinical applications. Another demonstration by [http://www.ob-ultrasound.net/baba.html Dr. Kazunori Baba], a clinical expert on ultrasound scanning from [http://www.saitama-med.ac.jp/english/index.html Saitama Medical Center], will follow. A plenary talk by [http://www.spl.harvard.edu/pages/People/kikinis Dr. Ron Kikinis] is scheduled midway through the workshop
 
  
 
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== Agenda  ==
 
== Agenda  ==
  
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*April 10, 2013 Mini workshop/3D ultrasound
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*March 26, 2015 Workshop/3D Slicer
  
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:Target audience: Physicians, Fellows, and Residents
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:Target audience: Engineers, Surgeon, Radiologists, Physicians, Fellows, and Residents  
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*4:00-4:15 PM Announcement (Akihiko Kikuchi/Nobuhiko Hata)
 
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*4:15-5:15 PM Special lecture General topics on medical image processing and open source software [http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Events:Slicer-Hands-On-Tokyo-2010:Kikinis-talk Abstract](Ron Kikinis/Nobuhiko Hata)
 
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*5:20-6:20 PM  Special lecture  3D ultrasound visualization (Kazunori Baba/Akihiko Kikuchi)
 
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*6:20 -6:30 PM Discussion
 
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*6:35-6:55 PM Mini demonstration:Segmentation image of the fetal choroid plexus (Sonia Pujol/Rie Oyama)
 
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*7:00PM Social event, attendee get together
 
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*April 11, 2013 Full workshop/3D Slicer
 
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[[image:Iwate2013-2.JPG |300px|right]]
 
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:Target audience: Engineers, Radiologists, Neologists, Obstetricians, Gynecologists, Neurosurgeons, Fellows, and Residents
 
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*9:00-9:10 AM Opening remarks by the organizer (Toru Sugiyama/Nobuhiko Hata)
 
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*9:10-10:20 AM  [[media:DataLoadingAndVisualizationSlicer4_Madrid2012_SoniaPujol.pdf | Data Loading and 3D Visualization ]]  (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
 
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*10:20-11:20 AM  [[media:DTI Analysis Tutorial Slicer4.1 Madrid2012 SoniaPujol.pdf |  Diffusion Tensor Imaging Tutorial]] (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
 
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*11:20-12:20 AM Special lecture: 3D Slicer for Clinical Research (Ron  Kikinis) Moderator: Professor Sugiyama
 
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*12:20-1:00 PM  Lunch and product demonstration by the industrial sponsors
 
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*1:00-2:00 PM  [[media:WhiteMatterExplorationNeurosurgicalPlanning_Madrid2012_SoniaPujol.pdf‎ | Neurosurgical Planning Tutorial: white matter exploration of neurosurgical data]] (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
 
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*2:00-2:30 pm Lecture: [http://dti-challenge.org The DTI tractography Challenge for Neurosurgical Planning] (Sonia Pujol)
 
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*2:30-2:45 PM  Discussion Coffee break
 
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*2:45-3:15PM Brain segmentation in fetal ultrasound  (Rie Oyama)
 
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*3:15-3:20PM  Medical Image processing research with Slicer (Sonia Pujol)
 
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*3:20- 3:30PM Closing remarks (Tatsuya Honda)
 
  
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*13:00-13:15 Opening remarks by the organizer (Tohru Tani/Atsushi Yamada)
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*13:15-14:15 xxx tutorial (Junichi Tokuda)
 +
*14:15-15:15 xxx tutorial (Soichro Tani)
 +
*15:15-16:15 xxx tutorial (Koichiro Murakami)
 +
*16:15-17:15 xxx tutorial (Atsushi Yamada)
 +
*17:15- Discussion
 
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datasets:
 
datasets:
 
* Software
 
* Software
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**[http://download.slicer.org/ 3DSlicer version 4.2.1 stable release]
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**[http://download.slicer.org/ 3DSlicer version 4.4.0 stable release]
 
*Dataset
 
*Dataset
 
**[[media:3DVisualizationData.zip‎|Dataset 1: 3D Visualization Data]]
 
**[[media:3DVisualizationData.zip‎|Dataset 1: 3D Visualization Data]]
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==Place==
 
==Place==
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*[http://www.iwate-med.ac.jp/en/ Iwate Medical University], Memorial Heart Center (10th Floor)
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*
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19-1 Uchimaru, Morioka, Iwate, Japan 0208505
 
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Parking available at Iwate Medical University Hospital and Memorial Heart Center Parking Garage
 
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====Campus map of Iwate Medical University====
 
====Campus map of Iwate Medical University====
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[[image:campus_map.jpg]]
 
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====Memorial Heart Center====
 
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[[image:Memorial_Hart_Centar.jpg]]
 
  
 
==Access==
 
==Access==
  
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*[http://www.iwate-med.ac.jp/en/en-access/ Directions]
 
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==Accommodations==
 
−
*[http://www.jrhotelgroup.com/eng/hotel/eng105.htm Hotel Metropolitan Morioka]
 
−
*[http://www.route-inn.co.jp/english/pref/iwate.html Route-Inn Morioka Ekimae]
 
−
*[http://www.moriokacityhotel.co.jp/newcity/ Morioka New City Hotel]
 
−
*[http://www.daiwaroynet.jp/english/locate.html Daiwa Roynet Hotel Morioka ]
 
−
*[http://www.hotelroyalmorioka.co.jp/ Hotel Royal Morioka]
 
  
 
==Organizers==
 
==Organizers==
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*Toru Sugiyama, Iwate Medical University
+
*Tohru Tani, Biomedical Innovation Center, Shiga University of Medical Science
−
*[http://www.spl.harvard.edu/pages/People/noby Nobuhiko Hata], Brigham Women's Hospital and Harvard Medical School
+
*Atsushi Yamada, Biomedical Innovation Center, Shiga University of Medical Science
−
*Tatsuya Honda, Iwate Medical University
 
−
*Chizuko Isurugi, Iwate Medical University
 
−
*[http://www.spl.harvard.edu/pages/People/royama Rie Oyama], Iwate Medical University
 
  
 
==Lecturers==
 
==Lecturers==
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==Registration==
 
==Registration==
 
*Free
 
*Free
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*To sign up for this event, please send your information (name, organization, type of operating system) by e-mail to Nobuhiko Hata, PhD (hata@bwh.harvard.edu).
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*To sign up for this event, please send your information (name, organization, type of operating system) by e-mail to Atsushi Yamada, PhD (ayamada@belle.shiga-med.ac.jp).
  
 
==NA-MIC Events==
 
==NA-MIC Events==
 
Back to [http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Events NA-MIC Events]
 
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=Japanese Version=
 
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==Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer==
 
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'''xxx Workshop at Shiga University of Medical Science, March 26, 2015.'''
 
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==日程==
 
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*3月26日　3D Slicerのxxxに関するワークショップ
 
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*午後1時から午後1時15分          開催挨拶(谷徹）
 
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*午後1時15分から午後2時15分  Junichi Tokuda, PhD
 
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*午後2時15分から午後3時15分 　Soichito Tani, MD
 
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*午後3時15分から午後4時15分 　Koichiro Murakami, MD PhD
 
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*午後4時15分から                      Discussion
 
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==参加要領==
 
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参加者は 講義当日までに各自のノートブックパソコンに下記に記したSlicerをダウンロードしてインストールしてきください. インストールは通常の商用ソフトと同様自動です. 主として医師、研修医、技師、理工学大学院生を対象としてカリキュラムは組まれています. 当日は有線ケーブルよるネットワークへの接続を行います（無線,有線LAN対応可). 可能な限り参加者ご自身で予め3D Slicerソフトウェア，サンプルデータ, チュートリアル資料をダウンロードしてご持参下さい. お時間の無い方は会場にてインストールのお手伝いを致します. その場合は恐れ入りますが３０分前までには会場へお越し下さい.
 
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* 3D Slicerソフトウェア
 
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**[http://download.slicer.org/ 3DSlicer version 4.2.1 stable release]
 
−
* データーセット
 
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**[[media:3DVisualizationData.zip‎|Dataset 1: 3D Visualization Data]]
 
−
**[[media:DiffusionMRI_tutorialData.zip| Dataset 2: DiffusionMR]]
 
−
**[[media:WhiteMatterExplorationData.zip‎| Dataset 3: Neurosurgical Planning]]
 
−
*チュートリアル
 
−
**[http://www.slicer.org/slicerWiki/images/c/c7/DataLoadingAndVisualizationSlicer4.1_SoniaPujol.pdf  3D Data Loading and Visualization]
 
−
**[[media:DTI Analysis Tutorial Slicer4.1 Madrid2012 SoniaPujol.pdf |  Diffusion Tensor Imaging Tutorial]]
 
−
**[[media:WhiteMatterExplorationNeurosurgicalPlanning_Madrid2012_SoniaPujol.pdf‎ | Neurosurgical Planning Tutorial]]
 
−
** [http://dti-challenge.org The DTI tractography Challenge for Neurosurgical Planning]
 
−
*Slicer日本語チュートリアル
 
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以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部　陳研究室の木西基（もとい）さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。
 
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**[[media:Japanese_Slicer3Minute.ppt | 3D Slicerの基礎(PPT)]]日本語
 
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**[[media:Japanese_Slicer3Course_DataLoadingAndVisualization.ppt  | データの読み込みと表示(PPT)]]日本語
 
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**[[media:Japanese_Na-MIC-Slicer-Registration.ppt  | 自動画像統合(PPT)]]日本語
 
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==場所==
 
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*
 
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===滋賀医科大学===
 
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==交通機関==
 
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==コースオーガーナイザー==
 
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*Tohru Tani 
 
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*Atsushi Yamada
 
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==講師==
 
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*[http://www.spl.harvard.edu/pages/People/kikinis Ron Kikinis]  Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School, **Kikinis先生の和文経歴は[http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Events:Slicer-Hands-On-Tokyo-2010:Kikinis-bio こちら]
 
−
*[http://www.spl.harvard.edu/pages/People/noby 波多伸彦] Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
 
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*[http://www2.ocn.ne.jp/~baba/baba.htm 馬場一憲] 埼玉医科大学総合医療センター
 
−
*[http://www.spl.harvard.edu/pages/People/spujol Sonia Pujol] Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
 
−
*[http://www.spl.harvard.edu/pages/People/royama 小山理恵] 岩手医科大学
 
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−
==主催==
 
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*岩手医科大学医学部産婦人科学教室
 
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* [http://www.brighamandwomens.org/ Brigham and Women's Hospital]
 
−
*[http://www.na-mic.org 米国医用画像解析連合  National Alliance for Medical Image Computing]
 
−
*[http://www.ncigt.org 米国画像誘導手術センター National Center for Image Guided Therapy]
 
−
* がんプロフェッショナル養成基盤推進プラン
 
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==協賛==
 
−
*[http://www.azeofamerica.com/ AZE of America]
 
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*[http://www.example.com サムスン電子ジャパン]
 
  
 
==過去の国際セミナー==
 
==過去の国際セミナー==
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[[File:DrHata.jpg]]
 
[[File:DrHata.jpg]]
 
*波多伸彦准教授の講演 [http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Events:Slicer-Hands-On-Tokyo-2010 Slicer-Hands-On Meeting] 東京女子医科大学 2010.
 
*波多伸彦准教授の講演 [http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Events:Slicer-Hands-On-Tokyo-2010 Slicer-Hands-On Meeting] 東京女子医科大学 2010.
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==参加登録==
 
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*参加費無料
 
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*参加希望者はroyama@bwh.harvard.eduまで名前, 所属, 使用パソコンのOSをお送りください.
 
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*締切り：4/8(月)
 
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*定員：20名程度
 
  
 
==参加者リスト==
 
==参加者リスト==
 
*1.伊藤　賢司　 岩手医科大学 医歯薬総合研究所 超高磁場MRI診断・病態研究部門
 
*1.伊藤　賢司　 岩手医科大学 医歯薬総合研究所 超高磁場MRI診断・病態研究部門
−
*2.アデルジャン・イミティ　 岩手大学 工学研究科 機械・社会環境システム工学専攻
 
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*3.山下 典生 岩手医科大学 医歯薬総合研究所 超高磁場MRI診断・病態研究部門
 
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*4.黒田　敬 岩手医科大学形成外科学講座
 
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*5.柏谷　元 岩手医科大学形成外科学講座
 
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*6.別府　高明 岩手医科大学脳神経外科学講座
 
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*7.岩動（いするぎ)ちず子  岩手医科大学産婦人科学講座
 
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*8.千田 英之 岩手医科大学産婦人科学講座
 
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*9.古武 陽子 岩手医科大学産婦人科学講座
 
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*10.内田玉男　    サムスン電子ジャパン
 
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*11.武田梨梨江  サムスン電子ジャパン
 
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*12苫米地牧子　岩手医科大学放射線科学講座
 
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*13Keisuke Kakisaka 岩手医科大学消化器内科学講座
 
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*14樋口さとみ 岩手医科大学　超高磁場ＭＲＩ診断・病態研究部
 
  
 
= 謝辞 =
 
= 謝辞 =
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ワークショップ開催に至りご理解して下さいました岩手医科大学医学部部長　小林誠一郎教授. ワークショップ参加にご協力して下さいました岩手大学機械システム工学科　萩原義宏准教授. 岩手医科大学医学部　超高磁場先端MRI研究所  佐々木　真理教授.
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ワークショップ開催に至りご理解して下さいました.... 皆様に深く感謝致します.
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会場ネットワーク設定は有限会社ヤマダプランニング様. 皆様に深く感謝致します.
 
  
 
==NA-MIC Eventsページ==
 
==NA-MIC Eventsページ==
 
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Revision as of 00:37, 12 March 2015

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Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer

xxx Workshop at Shiga University of Medical Science, March 26, 2015

The objective of this workshop is to learn...

Agenda

  • March 26, 2015 Workshop/3D Slicer
Target audience: Engineers, Surgeon, Radiologists, Physicians, Fellows, and Residents
  • 13:00-13:15 Opening remarks by the organizer (Tohru Tani/Atsushi Yamada)
  • 13:15-14:15 xxx tutorial (Junichi Tokuda)
  • 14:15-15:15 xxx tutorial (Soichro Tani)
  • 15:15-16:15 xxx tutorial (Koichiro Murakami)
  • 16:15-17:15 xxx tutorial (Atsushi Yamada)
  • 17:15- Discussion

Preparation

For this session, please download the following software and datasets:

Place

Campus map of Iwate Medical University

Access

Organizers

  • Tohru Tani, Biomedical Innovation Center, Shiga University of Medical Science
  • Atsushi Yamada, Biomedical Innovation Center, Shiga University of Medical Science

Lecturers

  • Junichi Tokuda, Brigham and Women's Hospital Harvard Medical School
  • Soichiro Tani, Brigham and Women's Hospital Harvard Medical School / Shiga University of Medical Science
  • Koichiro Murakami, Shiga University of Medical Science
  • Atsushi Yamada, Shiga University of Medical Science

Organizers

Sponsors

Past Events

RSNA.jpg

DrKikinis.jpg

DrHata.jpg

Registration

  • Free
  • To sign up for this event, please send your information (name, organization, type of operating system) by e-mail to Atsushi Yamada, PhD (ayamada@belle.shiga-med.ac.jp).

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過去の国際セミナー

RSNA.jpg

DrKikinis.jpg

DrHata.jpg

参加者リスト

  • 1.伊藤　賢司　 岩手医科大学 医歯薬総合研究所 超高磁場MRI診断・病態研究部門

謝辞

ワークショップ開催に至りご理解して下さいました.... 皆様に深く感謝致します.

NA-MIC Eventsページ

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