Events:Slicer-Hands-On-Tokyo-2010

Image Guided Therapy Research using Open Source Free Software - 3D Slicer hands-on workshop

at Tokyo Women's Medical University, on March 16, 2010. The objective of this workshop is to learn the usage of 3D Slicer specifically in the context of Image guided neurosurgery research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and experience fMRI, DTI tractography, and image segmentation and registration using real clinical data. The lectured will be given by local Japanese expert in 3D Slicer using Japanese version of the tutorial slides. The workshop is followed by live demonstration by a IGT researcher from Brigham and Women's Hospital modifying 3D Slicer to tailor his need. A plenary talk by Dr. Kikinis is scheduled in the mid-point of this one day workshop.

Slicer Hands On Tutorial,March 16, 2010, Tokyo Women's Medical University

講習会風景

am

Tokyo Hands-on 2010(1)

Tokyo Hands-on 2010(2)

Takashi Suzuki@TWMU

Yuichiro Hayashi@Nagoya Univ.

noon

luncheon seminar

Nicholas Herlambang@Univ. of Tokyo

Toru Higaki@Hiroshima Univ.

Special Lecture by Prof.Kikinis

pm

Noby@BWH

Atsushi Yamada@NITEC

Junichi Tokuda@BWH

Kiyoyuki 'kiyo' Chinzei @AIST

Tokyo Hands-on 2010(3)

group photo

all participants

コースの目的

このコースは、オープンソースソフトウェアSlicerを活用して画像誘導手術シミュレーション、ナビゲーション、医用画像処理について体験講義を行うことを目的としています。通常の講義とは異なり、実際に自分のパソコンにソフトウェアをダウンロードして、臨床で用いられている画像データを使いながら、直接「手」で先端研究を感じてもらうことがコースの目的です。コースで使用するソフトウェアは無償でプログラムソースコードが公開されており、コース終了後はこのソフトウェアを中心に研究を展開することができます。この展開方法についてもコース内で触れます。ハンズオンセミナーの質をあげるため、受講者に対する講師陣の人数を限りなく多くするようにとりはからっています。

コースのスピリット

本コースはオープンソースの理念にのっとり、準備委員会の議事録、講師、参加者のリスト、教材、配布ソフトウェアすべて公開でおこなっております。また、講師、参加社ともに自らの研究予算を活用して参加しています。また講師陣は若手研究者を中心に構成されており、彼らの参画はネットワーキング、キャリア補助の目的も兼ねています。是非、この機会に彼らの名前をお見知りおきください。

コースオーガナイザー

• 東京女子医科大学　伊関洋

• Brigham and Women's Hospital and Harvard Medical School　波多伸彦

主催

• 東京女子医科大学　先端生命医科学研究所 先端工学外科学分野(FATS)
• 米国医用画像解析連合 National Alliance for Medical Image Computing
• 米国画像誘導手術センター National Center for Image Guided Therapy

協賛

• 株式会社Aze
• グローバルCOEプログラム「再生医療本格化のための集学的教育研究拠点」
• 立命館大学情報理工学部　日本語版チュートリアルスライド作成

過去の国際セミナー

• ２００８年ミュンヘンセミナー
• ２００８年トロントセミナー

講師 （主として日本国内のSlicerユーザ、開発者）

• 鄭　常賢（東京大学医用精密工学研究室、ポストドクトラルフェロー）
• 鈴木孝司（東京女子医科大学先端生命医科学研究所、助教）
• 徳田淳一　（ハーバード大学医学部講師, Brigham and Women's Hospital）
• ヘルランバン　ニコラス　（東京大学土肥正宗研究室　博士課程学生、４月より株式会社AZE）
• 林 雄一郎（名古屋大学医学部脳神経外科、ポストドクトラルフェロー）
• 山田篤史（名古屋工業大学 大学院 工学研究科おもひ領域、特任助教）
• 伊関洋（東京女子医科大学先端生命医科学研究所、教授）
• 鎮西清行（産業総合研究所、グループリーダ）
• Ron Kikinis (ハーバード大学医学部教授）
• 波多伸彦　（ハーバード大学医学部准教授）
• 洪在成（九州大学医学部、准教授）

日時、場所

• 日時：２０１０年３月１６日（火曜日）
• 午前９時から午後５時まで
• 場所：TWIns 3階 早稲田大学セミナールーム3 (東京女子医科大学に隣接する「東京女子医科大学・早稲田大学連携先端生命医科学研究教育施設」です．)(access map)
  • 学内及び周辺には駐車スペースはありません。公共交通機関でご来場ください。
  • 大学および病院の敷地内は完全禁煙です。路上は新宿区の条例により禁煙です。ご協力お願いします。

参加定員(講師／受講者比　1対5)に達しましたので参加を閉め切りました

=参加登録=

• 参加費無料
• 参加希望者はhata@bwh.harvard.eduまで名前、所属、使用パソコンのOSをお送りください。

参加要領

• 参加者は、講義当日までに各自のノートブックパソコンにSlicerをダウンロードしてインストールしてきてください。インストールは通常の商用ソフトと同様自動です。主として医師、研修医、技師、理工学大学院生を対象としてカリキュラムは組まれています。
• 当日は無線LANによるネットワークへの接続を行います．使用パソコンが無線LANに対応していない場合は申込時に申告して下さい。
  • SSID，WEPキー，プロキシ設定は当日会場にてアナウンスします．
  • 回線の帯域に限りがありますので，必ず下記ソフトウェア，サンプルデータ，チュートリアル資料はダウンロードしてご持参下さい．
• 講師の方も参加者の方も服装は、スマートカジュアルでリラックスして参加してください。

参加登録者リスト

受付は締め切りました．多数のご応募ありがとうございました． 受講希望にお応えできなかった先生方に心よりお詫び申し上げます．

1. 白旗純一，瑞穂医科工業株式会社，WindowsXP SP3
2. 小山洋，瑞穂医科工業株式会社，WindowsXP SP3（無線LAN対応なし）
3. 小西良幸，東京女子医科大学 大学院生，Mac OS X 10.6.2
4. 奥富幸至，東京女子医科大学病院，Windows Vista
5. 石井裕之，早稲田大学高西研究室，Windows XP
6. 庄司聡，早稲田大学高西研究室(株式会社京都科学)，Windows XP
7. 八木高伸，早稲田大学梅津研究室，WindowsXP
8. 新家学，早稲田大学梅津研究室，WindowsXP
9. 高橋彩来，早稲田大学梅津研究室，WindowsXP
10. 許 家群，早稲田大学梅津研究室(シグナス班)，WindowsXP
11. 坂本 怜，早稲田大学梅津研究室(シグナス班)，WindowsXP
12. 市橋琢弥，早稲田大学梅津研究室(シグナス班)，WindowsXP
13. 黒田秀隆　株式会社AZE マーケティング部アドバンストアプリケーション　Windows 7 6G
14. 臼倉政雄，東京女子医科大学病院 画像診断部，Windows XP
15. 高島久治，東京女子医科大学八千代医療センター，WindowsXP
16. 中島伸幸，東京医科大学脳神経外科　Mac OS X v.10.5.8
17. 村山浩之，滋賀医科大学　外科学講座　大学院生　Windows xp
18. 亀卦川　亮　株式会社AZE 開発部製品開発グループ　Windows XP 4G
19. 大野善太郎 JA岐阜厚生連 中濃厚生病院　内科（呼吸器） Visa
20. 加藤善一郎　岐阜大学大学院医学研究科小児病態学　Mac OS10.5.8
21. 中山　則之、岐阜大学大学院医学研究科　脳神経外科、Mac OS 10.4.11（無線LAN対応なし）
22. 阪本 剛　株式会社AZE アプリケーション部　Vista 2G
23. 織壁里名, 東京大学大学院脳神経医学専攻,WindowsXP
24. 八幡　憲明,東京大学大学院医学系研究科,Mac OS X 10.6.2
25. 藤原和之, 群馬大学医学部付属病院精神科神経科　　
26. 井上　大輔　九州大学 大学院 医学研究院 先端医療医学講座　脳神経外科
27. 岡　正倫　九州大学 大学院 医学研究院　耳鼻咽喉科学　Mac OS X 10.6.
28. 中村亮一，千葉大学大学院工学研究科，WindowsXP Pro SP3
29. 相沢知明，千葉大学大学院工学研究科，Ubuntu9.10(on Macbook)
30. 檜垣 徹　広島大学大学院工学研究科　MacOSX v10.5
31. 戸崎光宏、亀田メディカルセンター
32. 岩白　訓周、東京大学付属病院、windows 7 professional
33. 木戸尚治、山口大学 大学院医学系研究科、WindowsXP
34. 森　悦秀　　山口大学大学院医学系研究科 Windows XP　SP3
35. 小室考広、オリンパス株式会社研究開発センター 医療技術開発本部、Windows　Xp
36. 生熊聡一、オリンパスメディカルシステムズ(株) システム機器開発部、Windows Vista
37. 伊藤誠一　オリンパスメディカルシステムズ（株）、研究部、Windows XP
38. 荒田純平，名古屋工業大学 大学院工学研究科，Mac OS X 10.6.2
39. 惠藤信一郎, ブレインラボ株式会社, Windows XP SP3
40. 古川 勇志郎 九州大学システム情報科学府情報知能工学専攻　倉爪研究室　（Windows 7 Professional
41. 金 洪浩(Honho Kim)，東京大学医用精密工学研究室，window 7
42. 伊藤　昌夫 株式会社ニルソフトウェア MAC OS X 10.6.2
43. 健山　智子, 立命館大学情報理工学部知的画像処理研究室
44. 中川真智子、富士通株式会社,次世代テクニカルコンピューティング開発本部アプリケーション開発統括部, WindowsXP
45. 吉光喜太郎，東京女子医科大学 先端生命医科学研究所，Windows 7
46. 植松美幸，東京女子医科大学 研究生(国立医薬品食品衛生研究所 療品部)，Mac OS X v10.5
47. デ ディ　ヌル　ザマン(Deddy Nur Zaman)，東京大学医用精密工学研究室， windows 7
48. ビンナン(LI Bing Nan), 東京大学医用精密工学研究室， windows 7
49. ランカン(欒 寛, LUAN kuan) ，東京大学医用精密工学研究室， windows 7
50. Shane Lin 東京大学医用精密工学研究室， windows 7

参加者の使用用途案

• 3D Slicerを用いて作成した画像や解析結果をナビゲーションやガンマプラン(ガンマナイフ用治療計画ソフトウェア)にDICOM形式で取り込んで治療に用いる．
  • diffusion画像について個別に質問したい(ベクターテーブルの扱い等)．
• Image-guided robotic therapyに用いる．
• 現状としては用途は決めていないが，市販製品にはない拡張性に期待して受講．
• よりヒトらしいヒューマノイドロボット開発のためにヒトのデータを設計に使用したい．各組織をSTLファイルで出力し，CADで編集できるようにしたい．(現在はmimicsを使用)
• ナビゲーションへの応用を前提とした，手動(できれば自動の部分が多い)セグメンテーション，ボリュームデータの作成と編集
• Slicerで何ができるのかがわからないので，どこまでできるのかを講習会で知りたい．
• 2005-2008年の3年間、ハーバードの分子細胞生物学Strominger Labにて、ＨＬＡの立体構造解析をしておりました。小児神経学・臨床遺伝学・免疫学・構造生物学を専門としております。今回の興味としては、小児神経疾患でのtractography等の応用と、小児脳腫瘍患者さんにおける術前・術後評価です。（加藤）
• 臓器のセグメンテーションの方法や、ボリュームの編集方法が学びたいと思っております。（中川）
• MR室での凍結治療に展開できないかと考えています。（戸崎）
• 群馬大学において、拡散テンソル画像を用いた精神疾患研究に携わっております。解析結果の表示などに3D Slicerを利用できないかと期待しております。（藤原）

講義シラバス

午前の部

• (施設の開錠が8:30ですので，受講者の方は8:30以降に来場頂けますようお願いします．)
• 9:00 am - 9:10 am 開会、講師紹介（伊関洋）
• 9:10 am - 9:30 am 環境確認（波多）
  • Slicerインストール確認
  • 受講のルール（途中でつまずいた際に積極的に講師のヘルプを求める事、受講内容が自分の研究ではどう活用できるかメモ書きする事）
  • ネットワークアクセス（方法の提示のみ）
• 9:30 am - 10:15 am データの読み込みと表示 （日本語版スライド）(波多伸彦)
• 10:15 am - 10:30 am Coffee-break
• 10:30 am - 11:15 am 脳神経外科手術プランニング （日本語版スライド）(鈴木孝司）
  • MRIデータの読み込み
  • fMRIデータの読み込み
  • 異種医用画像統合（剛性統合、変形統合）

• 11:15 am - 12:00 pm 脳神経外科手術プランニング （日本語版スライド）(林 雄一郎)
  • 自動セグメンテーション
  • 腫瘍三次元モデルの作成
  • 異種医用画像統合
  • 脳アトラスの患者データへの統合

• 12:00 -1pm AZEランチョンセミナー

特別講演

• 1:00 - 2:00 pm 特別講演 "3D Slicer as a Research Platform for Medical Image Computing"
  • 演者　ハーバード大学医学部ブリガムアンドウィメンズ病院　Ron Kikinis
  • 英文抄録はこちら
  • Kikinis先生の和文経歴はこちら

午後の部

• 2:00 - 2:30 pm バッファ
• 2:30 - 3:15 pm 脳神経外科手術プランニング（パート２） （日本語版スライド）(山田篤史)
  • 拡散協調画像から神経トラクトグラフィーの作成
  • ナビゲーションソフトウェアの作成
• 3:20 - 3:50 pm Slicerを用いた研究モジュールの作り方、ライブデモ、日本語の詳細はこのリンクへ(徳田淳一）
• 4:00 - 4:30 pm Slicerの研究活用 (鎮西清行)
• 4:30 - 5:00 pm 質疑応答

• （オプション） NIH研究におけるSlicer3の位置づけ(波多伸彦)

講師向け

• 5:00 - 6:00 pm 講師、関係者懇親会

参加準備

以下の参加準備は必ず参加当日までに済ませてください

作業1/2 Slicerのダウンロードとインストール

• このリンクから下記のバージョンのスライサーを"release"からダウンロードしてください。
  • Windows: Slicer3-3.4-2009-05-21-win32.exe
  • Mac OSX Darwin PPC: Slicer3-3.4.2009-05-21-darwin-ppc.tar.gz
  • Mac OSX Darwin Intel: Slicer3-3.4.2009-05-21-darwin-x86.tar.gz
  • Linux x86: Slicer3-3.4.2009-05-21-linux-x86.tar.gz
  • Linux x86-64: Slicer3-3.4.2009-05-21-linux-x86_64.tar.gz

The instructions for installing the Slicer3 program （英文）にインストールの方法が記載されています。

• 推奨インストール環境
  • Windows XP, Linux (x86 or x86_64), Mac OS (ppc or Intel)
  • 2GB以上のメモリを搭載し，128MB以上のビデオメモリを搭載していること．
  • メモリが少ない環境ではクラッシュを起こしがちなことが報告さてています。

作業 2/2 データのダウンロード

• Slicer3VisualizationDatasetをダウンロード
• NeurosurgicalPlanningTutorialData（４２０MB)をダウンロード.

Slicer日本語チュートリアル

以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部　陳研究室の木西基（もとい）さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。

• 3D Slicerの基礎(PPT)チュートリアルにて使用します
• データの読み込みと表示(PPT)チュートリアルにて使用します
• 画像誘導手術プランニング(その1)(PPT)チュートリアルにて使用します(3月11日更新しました!)
• 画像誘導手術プランニング(その2)(PPT)チュートリアルにて使用します(3月11日更新しました!)
• 自動画像統合(PPT)
• 手動セグメンテーション(PPT)
• MRI拡散強調画像とトラクトグラフィー(PPT)
• 脳アトラス(PPT)
• 自動セグメンテーション(PPT)
• 腹部アトラス(PPT)

講師陣打ち合わせ会議

• T-con
• リハーサル

謝辞

• 当日の会場使用は早稲田大学および早稲田大学教授 梅津光生先生のご好意によるものです．感謝致します．
• 当日のネットワーク使用は早稲田大学および早稲田大学創造理工学部助手 川村和也先生の全面的なご協力によるものです．感謝致します．

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開催後を終了して

• 参加者アンケートのお願い

• イベントに関するインナービジョンの記事

受講者の感想

スタッフに寄せられたコメントをまとめて記述します。

• thresholdによる二値化で抽出した複数の領域をsave islandで1個にできるのが便利(市販ソフトでは見たことがない)。(放射線技師)
  • island処理は基本中の基本なのに市販ソフトで実装されていないことに驚いた(工学系研究者)
• seedの球を通過する神経線維をリアルタイムに描出できる機能がすごい。
  • 市販ソフトではスタート点、途中点、ゴール点の指定ができる。それができた方が便利。
• slicerは確かに速度の点や軽量化の点では市販ソフトに負けているが、実直な処理をしてくれるので基本に立ち返ることができる。
• slicerは誰にでも使いこなせるものではないと思うが、新しいアイディアをトライアルするには便利である。
• slicerに限定したことではないが、各々の処理がどういう意味を持つのかわかって使いこなす必要がある。

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