Difference between revisions of "Events:Slicer-Hands-On-Tokyo-2010"
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Contents
Image Guided Therapy Research using Open Source Free Software - 3D Slicer hands-on workshop
at Tokyo Women's Medical University, on March 16, 2010. The objective of this workshop is to learn the usage of 3D Slicer specifically in the context of Image guided neurosurgery research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and experience fMRI, DTI tractography, and image segmentation and registration using real clinical data. The lectured will be given by local Japanese expert in 3D Slicer using Japanese version of the tutorial slides. The workshop is followed by live demonstration by a IGT researcher from Brigham and Women's Hospital modifying 3D Slicer to tailor his need. A plenary talk by Dr. Kikinis is scheduled in the mid-point of this one day workshop.
オープンソースソフトウェア 3D Slicer 画像誘導手術向けチュートリアル
コースの目的
このコースは、オープンソースソフトウェアSlicerを活用して画像誘導手術シミュレーション、ナビゲーション、医用画像処理について体験講義を行うことを目的としています。通常の講義とはことなり、実際に自分のパソコンにソフトウェアをダウンロードして、臨床で用いられている画像データを使いながら、直接「手」で先端研究を感じてもらうことがコースの目的です。コースで使用するソフトウェアは無償でオープンソースが公開されており、コース終了後はこのソフトウェアを中心に研究を展開することができます。この展開方法についてもコース内で触れます。ハンズオンセミナーの質をあげるため、受講者に対する講師陣の人数を限りなく多くするようにとりはからっています。
コースオーガナイザー
- 東京女子医科大学 伊関洋
- Brigham and Women's Hospital and Harvard Medical School 波多伸彦
主催
- 東京女子医科大学 先端生命医科学研究所 先端工学外科学分野(FATS)
- 米国医用画像解析連合 National Alliance for Medical Image Computing
- 米国画像誘導手術センター National Center for Image Guided Therapy
協賛
- 株式会社Aze
- NEDOインテリジェント手術機器プロジェクト
- グローバルCOEプログラム「再生医療本格化のための集学的教育研究拠点」
- 立命館大学情報理工学部 日本語版チュートリアルスライド作成
過去の国際セミナー
講師
- 東京女子医科大学 伊関洋
- Ron Kikinis (Surgical Planning Laboratory, Brigham and Women's Hospital, Boston MA）
- 鈴木孝司（東京女子医科大学）
- 鎮西清行（産業総合研究所）
- 徳田淳一 （Surgical Planning Laboratory, Brigham and Women's Hospital, Boston MA）
- 波多伸彦 （Surgical Planning Laboratory, Brigham and Women's Hospital, Boston MA）
- 林 雄一郎（名古屋大学）
- 洪在成（九州大学）
- 山田 篤史（名古屋工業大学）
日時、場所
- 日時：２０１０年３月１６日（火曜日）
- 午前９時から午後５時まで
- 場所：TWIns 3階 早稲田大学セミナールーム (東京女子医科大学に隣接する「東京女子医科大学・早稲田大学連携先端生命医科学研究教育施設」です．)(access map)
参加登録
- 参加費無料
- 参加希望者はhata@bwh.harvard.eduまで名前、所属、使用パソコンのOSをお送りください。
- 登録の締め切りは３月５日です。
- 参加者は各自のノートブックパソコンにSlicerをダウンロードしてインストールする必要があります。インストールは通常の商用ソフトと同様自動です。主として医師、研修医、技師、理工学大学院生を対象としてカリキュラムは組まれています。
- 当日は無線LANによるネットワークへの接続を行います．使用パソコンが無線LANに対応していない場合は申込時に申告して下さい。
- ハンズオンの講義のため、参加者の人数を限定しています。お早めに登録ください。
参加登録者リスト（毎日アップデートされます）
- 吉光喜太郎，東京女子医科大学 先端生命医科学研究所，Windows 7
- 植松美幸，東京女子医科大学 研究生(国立医薬品食品衛生研究所 療品部)，Mac OS X v10.5
- 中島伸幸，東京医科大学脳神経外科 Mac OS X v.10.5.8
- 黒田秀隆 株式会社AZE マーケティング部アドバンストアプリケーション Windows 7 6G
- 小西良幸，東京女子医科大学 大学院生，Mac OS X version確認中
- 奥富幸至，東京女子医科大学病院，OS version確認中
- ヘルランバン ニコラス 東京大学 Mac OS X 10.6.2
- 臼倉政雄，東京女子医科大学病院 画像診断部，Windows XP
- 八木高伸，早稲田大学梅津研究室，WindowsXP
- 新家学，早稲田大学梅津研究室，WindowsXP
- 亀卦川 亮 株式会社AZE 開発部製品開発グループ Windows XP 4G
- 高橋彩来，早稲田大学梅津研究室，WindowsXP
- 許 家群，早稲田大学梅津研究室(シグナス班)，WindowsXP
- 坂本 怜，早稲田大学梅津研究室(シグナス班)，WindowsXP
- 阪本 剛 株式会社AZE アプリケーション部 Vista 2G
- 市橋琢弥，早稲田大学梅津研究室(シグナス班)，WindowsXP
- 中村亮一，千葉大学大学院工学研究科，WindowsXP Pro SP3
- 相沢知明，千葉大学大学院工学研究科，Ubuntu9.10(on Macbook)
講義シラバス
午前の部
- 9:00 am - 9:10 am 開会（伊関洋）
- 9:10 am - 9:30 am Slicer3 について、チュートリアルアウトライン (波多伸彦)
- 9:30 am - 10:15 am データの読み込みと表示 （日本語版スライド）(洪在成)
- 10:15 am - 10:30 am Coffee-break
- 10:30 am - 11:15 am 脳神経外科手術プランニング （日本語版スライド）(鈴木孝司）
- MRIデータの読み込み
- fMRIデータの読み込み
- 異種医用画像統合（剛性統合、変形統合）
- 11:15 am - 12:00 pm 脳神経外科手術プランニング （日本語版スライド）(林 雄一郎)
- 自動セグメンテーション
- 腫瘍三次元モデルの作成
- 異種医用画像統合
- 脳アトラスの患者データへの統合
特別講演
- 12:15 -1pm AZEランチョンセミナー
- 1:00 - 2:00 pm 特別講演Ron Kikinis
午後の部
- 2:30 - 3:15 pm 脳神経外科手術プランニング （日本語版スライド）(山田 篤史)
- 拡散協調画像から神経トラクトグラフィーの作成
- ナビゲーションソフトウェアの作成
- 3:20 - 3:50 pm Slicerを用いた研究モジュールの作り方、ライブデモ、日本語の詳細はこのリンクへ(徳田淳一）
- 4:00 - 4:30 pm インテリジェント手術プロジェクトにおけるSlicerの研究活用 (鎮西清行)
- 4:30 - 5:00 pm 質疑応答
参加準備
以下の参加準備は必ず参加当日までに済ませてください Please complete the following items prior to the course. Support will be provided as requested
- Software Installation: Please install the newest Slicer3.4 release appropriate to the computer you will be bringing to the workshop:
- Windows: Slicer3-3.4-2009-05-21-win32.exe
- Mac OSX Darwin PPC: Slicer3-3.4.2009-05-21-darwin-ppc.tar.gz
- Mac OSX Darwin Intel: Slicer3-3.4.2009-05-21-darwin-x86.tar.gz
- Linux x86: Slicer3-3.4.2009-05-21-linux-x86.tar.gz
- Linux x86-64: Slicer3-3.4.2009-05-21-linux-x86_64.tar.gz
The instructions for installing the Slicer3 program describe the different steps of the procedure on Mac OS, Linux and Windows.
Recommended configuration: Windows XP, Linux (x86 or x86_64), Mac OS (ppc or Intel), 2 GB of RAM and a dedicated graphic accelerator with 128 MB of on board graphic memory.
- Data to download: Please install the Slicer3VisualizationDataset.
Slicer日本語チュートリアル
以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部 陳研究室の木西基（もとい）さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。
- 3D Slicerの基礎(PPT)チュートリアルにて使用します
- データの読み込みと表示(PPT)チュートリアルにて使用します
- 自動画像統合(PPT)
- 手動セグメンテーション(PPT)
- MRI拡散強調画像とトラクトグラフィー(PPT)
- 脳アトラス(PPT)
- 自動セグメンテーション(PPT)
- 画像誘導手術プランニング(PPT)チュートリアルにて使用します
講師陣打ち合わせ会議
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