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Image Guided Therapy Research using Open Source Free Software - 3D Slicer hands-on workshop
at Tokyo Women's Medical University, on March 16, 2010. The objective of this workshop is to learn the usage of 3D Slicer specifically in the context of Image guided neurosurgery research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and experience fMRI, DTI tractography, and image segmentation and registration using real clinical data. The lectured will be given by local Japanese expert in 3D Slicer using Japanese version of the tutorial slides. The workshop is followed by live demonstration by a IGT researcher from Brigham and Women's Hospital modifying 3D Slicer to tailor his need. A plenary talk by Dr. Kikinis is scheduled in the mid-point of this one day workshop.
| Slicer Hands On Tutorial,March 16, 2010, Tokyo Women's Medical University | 
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オープンソースソフトウェア 3D Slicer 画像誘導手術向けチュートリアル
コースの目的
このコースは、オープンソースソフトウェアSlicerを活用して画像誘導手術シミュレーション、ナビゲーション、医用画像処理について体験講義を行うことを目的としています。通常の講義とは異なり、実際に自分のパソコンにソフトウェアをダウンロードして、臨床で用いられている画像データを使いながら、直接「手」で先端研究を感じてもらうことがコースの目的です。コースで使用するソフトウェアは無償でプログラムソースコードが公開されており、コース終了後はこのソフトウェアを中心に研究を展開することができます。この展開方法についてもコース内で触れます。ハンズオンセミナーの質をあげるため、受講者に対する講師陣の人数を限りなく多くするようにとりはからっています。
コースのスピリット
本コースはオープンソースの理念にのっとり、準備委員会の議事録、講師、参加者のリスト、教材、配布ソフトウェアすべて公開でおこなっております。また、講師、参加社ともに自らの研究予算を活用して参加しています。また講師陣は若手研究者を中心に構成されており、彼らの参画はネットワーキング、キャリア補助の目的も兼ねています。是非、この機会に彼らの名前をお見知りおきください。
コースオーガナイザー
- 東京女子医科大学 伊関洋
- Brigham and Women's Hospital and Harvard Medical School 波多伸彦
主催
- 東京女子医科大学 先端生命医科学研究所 先端工学外科学分野(FATS)
- 米国医用画像解析連合 National Alliance for Medical Image Computing
- 米国画像誘導手術センター National Center for Image Guided Therapy
協賛
- 株式会社Aze
- NEDOインテリジェント手術機器プロジェクト
- グローバルCOEプログラム「再生医療本格化のための集学的教育研究拠点」
- 立命館大学情報理工学部 日本語版チュートリアルスライド作成
過去の国際セミナー
講師 （主として日本国内のSlicerユーザ、開発者）
- 鄭 常賢（東京大学医用精密工学研究室、ポストドクトラルフェロー）
- 鈴木孝司（東京女子医科大学、助教）
- 徳田淳一 （Surgical Planning Laboratory, Brigham and Women's Hospital, Boston MA, ハーバード大学医学部講師）
- 林 雄一郎（名古屋大学医学部、ポストドクトラルフェロー）
- 山田 篤史（名古屋工業大学、特任助教）
- 伊関洋（東京女子医科大学、教授）
- 鎮西清行（産業総合研究所、グループリーダ）
- Ron Kikinis (Surgical Planning Laboratory, Brigham and Women's Hospital, Boston MA、ハーバード大学医学部教授）
- 波多伸彦 （Surgical Planning Laboratory, Brigham and Women's Hospital, Boston MA、ハーバード大学医学部准教授）
- 洪在成（九州大学医学部、准教授）
日時、場所
- 日時：２０１０年３月１６日（火曜日）
- 午前９時から午後５時まで
- 場所：TWIns 3階 早稲田大学セミナールーム (東京女子医科大学に隣接する「東京女子医科大学・早稲田大学連携先端生命医科学研究教育施設」です．)(access map)
参加登録
- 参加費無料
- 参加希望者はhata@bwh.harvard.eduまで名前、所属、使用パソコンのOSをお送りください。
- 登録の締め切りは３月５日です。
- 参加者は各自のノートブックパソコンにSlicerをダウンロードしてインストールする必要があります。インストールは通常の商用ソフトと同様自動です。主として医師、研修医、技師、理工学大学院生を対象としてカリキュラムは組まれています。
- 当日は無線LANによるネットワークへの接続を行います．使用パソコンが無線LANに対応していない場合は申込時に申告して下さい。
- ハンズオンの講義のため、参加者の人数を限定しています。お早めに登録ください。
参加登録者リスト（毎日アップデートされます）
- 小西良幸，東京女子医科大学 大学院生，Mac OS X 10.6.2
- 奥富幸至，東京女子医科大学病院，Windows Vista
- 臼倉政雄，東京女子医科大学病院 画像診断部，Windows XP
- 高島久治，東京女子医科大学八千代医療センター，WindowsXP
- 吉光喜太郎，東京女子医科大学 先端生命医科学研究所，Windows 7
- 植松美幸，東京女子医科大学 研究生(国立医薬品食品衛生研究所 療品部)，Mac OS X v10.5
- 石井裕之，早稲田大学高西研究室，Windows XP ←午後出られないかも．調整中．
- 庄司聡，早稲田大学高西研究室(株式会社京都科学)，Windows XP
- 八木高伸，早稲田大学梅津研究室，WindowsXP
- 新家学，早稲田大学梅津研究室，WindowsXP
- 高橋彩来，早稲田大学梅津研究室，WindowsXP
- 許 家群，早稲田大学梅津研究室(シグナス班)，WindowsXP
- 坂本 怜，早稲田大学梅津研究室(シグナス班)，WindowsXP
- 市橋琢弥，早稲田大学梅津研究室(シグナス班)，WindowsXP
- 中村亮一，千葉大学大学院工学研究科，WindowsXP Pro SP3
- 相沢知明，千葉大学大学院工学研究科，Ubuntu9.10(on Macbook)
- 黒田秀隆 株式会社AZE マーケティング部アドバンストアプリケーション Windows 7 6G
- 亀卦川 亮 株式会社AZE 開発部製品開発グループ Windows XP 4G
- 阪本 剛 株式会社AZE アプリケーション部 Vista 2G
- 中島伸幸，東京医科大学脳神経外科 Mac OS X v.10.5.8
- 木戸尚治、山口大学 大学院医学系研究科、WindowsXP
- 檜垣 徹 広島大学大学院工学研究科 MacOSX v10.5
- デ ディ ヌル ザマン(Deddy Nur Zaman)，東京大学医用精密工学研究室， windows 7
- ビ ンナン(LI Bing Nan), 東京大学医用精密工学研究室， windows 7
- ラ ンカン(欒 寛, LUAN kuan) ，東京大学医用精密工学研究室， windows 7
- Shane Lin 東京大学医用精密工学研究室， windows 7
- 金 洪浩(Honho Kim)，東京大学医用精密工学研究室，window 7
- 大野善太郎 JA岐阜厚生連 中濃厚生病院 内科（呼吸器） Visa
- 健山 智子, 立命館大学情報理工学部知的画像処理研究室
- 加藤善一郎 岐阜大学大学院医学研究科小児病態学 Mac OS10.5.8
- 荒田純平，名古屋工業大学 大学院工学研究科，Mac OS X 10.6.2
参加者の使用用途案
- 3D Slicerを用いて作成した画像や解析結果をナビゲーションやガンマプラン(ガンマナイフ用治療計画ソフトウェア)にDICOM形式で取り込んで治療に用いる．
- diffusion画像について個別に質問したい．
- Image-guided robotic therapyに用いる．
- 現状としては用途は決めていないが，市販製品にはない拡張性に期待して受講．
- よりヒトらしいヒューマノイドロボット開発のためにヒトのデータを設計に使用したい．各組織をSTLファイルで出力し，CADで編集できるようにしたい．(現在はmimicsを使用)
- ナビゲーションへの応用を前提とした，手動(できれば自動の部分が多い)セグメンテーション，ボリュームデータの作成と編集
- Slicerで何ができるのかがわからないので，どこまでできるのかを講習会で知りたい．
- 2005-2008年の3年間、ハーバードの分子細胞生物学Strominger Labにて、ＨＬＡの立体構造解析をしておりました。小児神経学・臨床遺伝学・免疫学・構造生物学を専門としております。今回の興味としては、小児神経疾患でのtractography等の応用と、小児脳腫瘍患者さんにおける術前・術後評価です。（加藤先生）
講義シラバス
午前の部
- 9:00 am - 9:10 am 開会（伊関洋）
- 9:10 am - 9:30 am 参加者自己紹介
- 9:30 am - 9:50 am Slicer3 について、チュートリアルアウトライン (波多伸彦)
- 9:50 am - 10:15 am データの読み込みと表示 （日本語版スライド）(鄭 常賢)
- 10:15 am - 10:30 am Coffee-break
- 10:30 am - 11:15 am 脳神経外科手術プランニング （日本語版スライド）(鈴木孝司）
- MRIデータの読み込み
- fMRIデータの読み込み
- 異種医用画像統合（剛性統合、変形統合）
- 11:15 am - 12:00 pm 脳神経外科手術プランニング （日本語版スライド）(林 雄一郎)
- 自動セグメンテーション
- 腫瘍三次元モデルの作成
- 異種医用画像統合
- 脳アトラスの患者データへの統合
特別講演
- 12:15 -1pm AZEランチョンセミナー
- 1:00 - 2:00 pm 特別講演 "3D Slicer as a Research Platform for Medical Image Computing"
- 演者 ハーバード大学医学部ブリガムアンドウィメンズ病院 Ron Kikinis
- 英文抄録はこちら
午後の部
- 2:00 - 2:30 pm バッファ
- 2:30 - 3:15 pm 脳神経外科手術プランニング （日本語版スライド）(山田 篤史)
- 拡散協調画像から神経トラクトグラフィーの作成
- ナビゲーションソフトウェアの作成
- 3:20 - 3:50 pm Slicerを用いた研究モジュールの作り方、ライブデモ、日本語の詳細はこのリンクへ(徳田淳一）
- 4:00 - 4:30 pm インテリジェント手術プロジェクトにおけるSlicerの研究活用 (鎮西清行)
- 4:30 - 5:00 pm 質疑応答
講師向け
- 5:00 - 6:00 pm 講師、関係者懇親会
参加準備
以下の参加準備は必ず参加当日までに済ませてください Please complete the following items prior to the course. Support will be provided as requested
- Software Installation: Please install the newest Slicer3.4 release appropriate to the computer you will be bringing to the workshop:
- Windows: Slicer3-3.4-2009-05-21-win32.exe
- Mac OSX Darwin PPC: Slicer3-3.4.2009-05-21-darwin-ppc.tar.gz
- Mac OSX Darwin Intel: Slicer3-3.4.2009-05-21-darwin-x86.tar.gz
- Linux x86: Slicer3-3.4.2009-05-21-linux-x86.tar.gz
- Linux x86-64: Slicer3-3.4.2009-05-21-linux-x86_64.tar.gz
The instructions for installing the Slicer3 program describe the different steps of the procedure on Mac OS, Linux and Windows.
Recommended configuration: Windows XP, Linux (x86 or x86_64), Mac OS (ppc or Intel), 2 GB of RAM and a dedicated graphic accelerator with 128 MB of on board graphic memory.
- Data to download: Please install the Slicer3VisualizationDataset.
Slicer日本語チュートリアル
以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部 陳研究室の木西基（もとい）さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。
- 3D Slicerの基礎(PPT)チュートリアルにて使用します
- データの読み込みと表示(PPT)チュートリアルにて使用します
- 自動画像統合(PPT)
- 手動セグメンテーション(PPT)
- MRI拡散強調画像とトラクトグラフィー(PPT)
- 脳アトラス(PPT)
- 自動セグメンテーション(PPT)
- 画像誘導手術プランニング(PPT)チュートリアルにて使用します
講師陣打ち合わせ会議
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