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Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer

Ultrasound Workshop at Iwate Medical University, April 10-11, 2013

The objective of this workshop is to learn to use 3D Slicer in medical research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and practice diffusion tensor imaging (DTI) tractography, and image segmentation using real clinical data. They will first be taught how to use the Grow Cut Segmentation and Label Statistics Slicer modules using ordinary clinical ultrasound images. Attendees will be given a lecture by an expert in 3D Slicer using a Japanese language version of the tutorial slides. The workshop will be followed by a demonstration by an IGT researcher from Brigham and Women's Hospital modifying 3D Slicer to tailor its use to clinical applications. Another demonstration by Dr. Kazunori Baba, a clinical expert on ultrasound scanning from Saitama Medical Center, will follow. A plenary talk by Dr. Ron Kikinis is scheduled midway through the workshop

Agenda

April 10, 2013 Mini workshop/3D ultrasound

Target audience: Physicians, Fellows, and Residents

4:00-4:15 PM Announcement (Akihiko Kikuchi/Nobuhiko Hata)
4:15-5:15 PM Special lecture General topics on medical image processing and open source software Abstract(Ron Kikinis/Nobuhiko Hata)
5:20-6:20 PM Special lecture 3D ultrasound visualization (Kazunori Baba/Akihiko Kikuchi)
6:20 -6:30 PM Discussion
6:35-6:55 PM Mini demonstration:Segmentation image of the fetal choroid plexus (Sonia Pujol/Rie Oyama)
7:00PM Social event, attendee get together

April 11, 2013 Full workshop/3D Slicer

Target audience: Engineers, Radiologists, Neologists, Obstetricians, Gynecologists, Neurosurgeons, Fellows, and Residents

9:00-9:10 AM Opening remarks by the organizer (Toru Sugiyama/Nobuhiko Hata)
9:10-10:20 AM Data Loading and 3D Visualization (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
10:20-11:20 AM Diffusion Tensor Imaging Tutorial (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
11:20-12:20 AM Special lecture: 3D Slicer for Clinical Research (Ron Kikinis) Moderator: Professor Sugiyama
12:20-1:00 PM Lunch and product demonstration by the industrial sponsors
1:00-2:00 PM Neurosurgical Planning Tutorial: white matter exploration of neurosurgical data (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
2:00-2:30 pm Lecture: The DTI tractography Challenge for Neurosurgical Planning (Sonia Pujol)
2:30-2:45 PM Discussion Coffee break
2:45-3:15PM Brain segmentation in fetal ultrasound (Rie Oyama)
3:15-3:20PM Medical Image processing research with Slicer (Sonia Pujol)
3:20- 3:30PM Closing remarks (Tatsuya Honda)

Preparation

For this session, please download the following software and datasets:

Software
- 3DSlicer version 4.2.1 stable release
Dataset

Place

Iwate Medical University, Memorial Heart Center (10th Floor)

19-1 Uchimaru, Morioka, Iwate, Japan 0208505

Parking available at Iwate Medical University Hospital and Memorial Heart Center Parking Garage

Campus map of Iwate Medical University

Memorial Heart Center

Access

Directions

Accommodations

Organizers

Toru Sugiyama, Iwate Medical University
Nobuhiko Hata, Brigham Women's Hospital and Harvard Medical School
Tatsuya Honda, Iwate Medical University
Chizuko Isurugi, Iwate Medical University
Rie Oyama, Iwate Medical University

Lecturers

Junichi Tokuda, Brigham and Women's Hospital Harvard Medical School
Soichiro Tani, Brigham and Women's Hospital Harvard Medical School / Shiga University of Medical Science
Koichiro Murakami, Shiga University of Medical Science
Atsushi Yamada, Shiga University of Medical Science

Organizers

Biomedical Innovation Center, Shiga University of Medical Science
Shiga University of Medical Science
National Alliance for Medical Image Computing
National Center for Image Guided Therapy

Past Events

98th Annual Meeting of the Radiological Society of North America (RSNA 2012) Chicago, IL, USA

Professor Ron Kikinis giving a lecture at the Slicer-Hands-On Meeting Tokyo Women’s Medical University in 2010.

Lecture by Dr. Nobuhiko Hata at the Slicer-Hands-On Meeting Tokyo Women’s Medical University in 2010.

Registration

Free
To sign up for this event, please send your information (name, organization, type of operating system) by e-mail to Nobuhiko Hata, PhD (hata@bwh.harvard.edu).

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Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer

xxx Workshop at Shiga University of Medical Science, March 26, 2015.

日程

3月26日　3D Slicerのxxxに関するワークショップ

午後1時から午後1時15分開催挨拶(谷徹）
午後1時15分から午後2時15分 Junichi Tokuda, PhD
午後2時15分から午後3時15分　Soichito Tani, MD
午後3時15分から午後4時15分　Koichiro Murakami, MD PhD
午後4時15分から Discussion

参加要領

参加者は講義当日までに各自のノートブックパソコンに下記に記したSlicerをダウンロードしてインストールしてきください. インストールは通常の商用ソフトと同様自動です. 主として医師、研修医、技師、理工学大学院生を対象としてカリキュラムは組まれています. 当日は有線ケーブルよるネットワークへの接続を行います（無線,有線LAN対応可). 可能な限り参加者ご自身で予め3D Slicerソフトウェア，サンプルデータ, チュートリアル資料をダウンロードしてご持参下さい. お時間の無い方は会場にてインストールのお手伝いを致します. その場合は恐れ入りますが３０分前までには会場へお越し下さい.

3D Slicerソフトウェア
- 3DSlicer version 4.2.1 stable release
データーセット
チュートリアル
Slicer日本語チュートリアル

以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部　陳研究室の木西基（もとい）さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。

- 3D Slicerの基礎(PPT)日本語
- データの読み込みと表示(PPT)日本語
- 自動画像統合(PPT)日本語

場所

滋賀医科大学

交通機関

コースオーガーナイザー

Tohru Tani
Atsushi Yamada

講師

Ron Kikinis Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School, **Kikinis先生の和文経歴はこちら
波多伸彦 Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
馬場一憲埼玉医科大学総合医療センター
Sonia Pujol Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
小山理恵岩手医科大学

主催

岩手医科大学医学部産婦人科学教室
Brigham and Women's Hospital
米国医用画像解析連合 National Alliance for Medical Image Computing
米国画像誘導手術センター National Center for Image Guided Therapy
がんプロフェッショナル養成基盤推進プラン

協賛

過去の国際セミナー

98回北米放射線学会 (RSNA 2012) シカゴ.

Ron Kikinis教授の講演 Slicer-Hands-On Meeting 東京女子医科大学 2010.

波多伸彦准教授の講演 Slicer-Hands-On Meeting 東京女子医科大学 2010.

参加登録

参加費無料
参加希望者はroyama@bwh.harvard.eduまで名前, 所属, 使用パソコンのOSをお送りください.
締切り：4/8(月)
定員：20名程度

参加者リスト

1.伊藤　賢司　岩手医科大学医歯薬総合研究所超高磁場MRI診断・病態研究部門
2.アデルジャン・イミティ　岩手大学工学研究科機械・社会環境システム工学専攻
3.山下典生岩手医科大学医歯薬総合研究所超高磁場MRI診断・病態研究部門
4.黒田　敬岩手医科大学形成外科学講座
5.柏谷　元岩手医科大学形成外科学講座
6.別府　高明岩手医科大学脳神経外科学講座
7.岩動（いするぎ)ちず子岩手医科大学産婦人科学講座
8.千田英之岩手医科大学産婦人科学講座
9.古武陽子岩手医科大学産婦人科学講座
10.内田玉男　サムスン電子ジャパン
11.武田梨梨江サムスン電子ジャパン
12苫米地牧子　岩手医科大学放射線科学講座
13Keisuke Kakisaka 岩手医科大学消化器内科学講座
14樋口さとみ岩手医科大学　超高磁場ＭＲＩ診断・病態研究部

謝辞

ワークショップ開催に至りご理解して下さいました岩手医科大学医学部部長　小林誠一郎教授. ワークショップ参加にご協力して下さいました岩手大学機械システム工学科　萩原義宏准教授. 岩手医科大学医学部　超高磁場先端MRI研究所佐々木　真理教授.

会場ネットワーク設定は有限会社ヤマダプランニング様. 皆様に深く感謝致します.

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 ==Lecturers==
-*[http://www.spl.harvard.edu/pages/People/kikinis Ron Kikinis], Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School
+*Junichi Tokuda, Brigham and Women's Hospital Harvard Medical School
-*[http://www.spl.harvard.edu/pages/People/noby Nobuhiko Hata], Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School
+*Soichiro Tani, Brigham and Women's Hospital Harvard Medical School / Shiga University of Medical Science
-*[http://www.ob-ultrasound.net/baba.html Kazunori Baba], Saitama Medical Center, Saitama Medical University
+*Koichiro Murakami, Shiga University of Medical Science
-*[http://www.spl.harvard.edu/pages/People/spujol Sonia Pujol], Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School
+*Atsushi Yamada, Shiga University of Medical Science
-*[http://www.spl.harvard.edu/pages/People/royama Rie Oyama], Iwate Medical University
 ==Organizers==
-*'''Iwate Medical University, Department of Obstetrics and Gynecology'''
+*'''Biomedical Innovation Center, Shiga University of Medical Science'''
-* [http://www.brighamandwomens.org/ Brigham and Women's Hospital]
+*Shiga University of Medical Science
 *[http://www.na-mic.org National Alliance for Medical Image Computing]
 *[http://www.ncigt.org  National Center for Image Guided Therapy]
-*Promotion Plane for the Platform of Human Resources Development for Cancer
 ==Sponsors==
-*[http://www.azeofamerica.com/ AZE of America]
-*[http://www.example.com  SAMSUNG ELECTRONICS JAPAN]
 ==Past Events==
 [[File:RSNA.jpg]]
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 =Japanese Version=
 ==Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer==
-'''Ultrasound Workshop at Iwate Medical University, April 10-11, 2013.'''
+'''xxx Workshop at Shiga University of Medical Science, March 26, 2015.'''
-このワークショップはオープンソースソフトウェア[http://www.slicer.org 3D Slicer] を用いて画像誘導手術向けシュミュレーション, ナビゲーション勿論のこと本会の特徴は従来の医用画像CT, MRIに加え超音波画像処理について臨床医（脳外科, 外科, 放射線科, 泌尿器科, 小児科, 産婦人科等）・工学者・大学院生の現場に見合った基礎を含めた実践講義を目的とした事です. 特に, この度は臨床産科超音波画像を用い[http://wiki.slicer.org/slicerWiki/index.php/Documentation/4.2/Modules/Editor#GrowCutSegment Grow Cut Segmentation] と [http://wiki.slicer.org/slicerWiki/index.php/Documentation/4.2/Modules/LabelStatistics Label Statistics] のデモンストレーションを行います. 特別講演は埼玉医療センター[http://www.ob-ultrasound.net/baba.html 教授　馬場一憲先生] とBrigham and Women's Hospital and Harvard Medical School [http://www.spl.harvard.edu/pages/People/kikinis 教授　Ron Kikinis先生]のお二方が3D超音波画像と3D Sliceについてレクチャーして下さいます. 馬場教授は3D超音波の開発, そしてRon 教授は3D Slicerの臨床用開発に携わり両教授は各分野でのエキスパートです. ワークショップは各々のパソコンにフトウェアをダンロードし, 皆さんが臨床で用いる画像データーを自身で3D Slicerにローデイングし先端画像処理を実践できます. ワークショップで用いるソフトウェアは無償でプログラムソースコードが公開されており, ソフトウェア終了後は皆さんのアイデアにより画像処理やシュミュレーション技術を探求する事が可能です. 同時に画層処理・技術探求について興味を抱いた方は講師からアドバイスを得る事が出来る機会でもあります. このワークショップは [http://www.brighamandwomens.org Brigham and Women's Hospital] のIGT 研究所 の監修のもと開催されます.
 ==日程==
-*４月１０日　先端3D超音波画像診断・処理に関するワークショップ
+*3月26日　3D Slicerのxxxに関するワークショップ
-*午後4時から午後4時15分           開催挨拶(菊池明彦／波多伸彦）
-*午後4時15分から午後5時15分   特別講演　3D Slicerによる医用画像処理研究の現状と展望 /抄録/ [http://www.na-mic.org/Wiki/index.php](Ron Kikinis)　座長　波多伸彦
-*午後5時20分から午後6時20分 　特別講演　3D 超音波画像の構築法(馬場一憲)　座長　菊池明彦
-*午後6時20分から午後6時30分    質疑応答
-*午後6時35分から午後6時55分 3D Slicerを用いた3D超音波胎児画像処理のミニデモンストレーション(Sonia Pujol/小山理恵)
-*午後7時から                      同会場にて講師との懇親会、意見交換会
-----
-*４月１１日　3D Slicerと3D超音波画像
+*午後1時から午後1時15分           開催挨拶(谷徹）
+*午後1時15分から午後2時15分   Junichi Tokuda, PhD
-*午前9時から午前9時10分            主催者挨拶 (杉山徹/波多伸彦)、パソコン準備
+*午後2時15分から午後3時15分 　Soichito Tani, MD
-*午前9時10分から午前10時20分  [[media:DataLoadingAndVisualizationSlicer4_Madrid2012_SoniaPujol.pdf | Data Loading and 3D Visualization ]] (Sonia Pujol/波多伸彦)
+*午後3時15分から午後4時15分 　Koichiro Murakami, MD PhD
-*午前10時20分から午前11時20分 [[media:DTI Analysis Tutorial Slicer4.1 Madrid2012 SoniaPujol.pdf |  Diffusion Tensor Imaging Tutorial]] (Sonia Pujol/波多伸彦)
+*午後4時15分から                      Discussion
-*午前11時20分から午後12時20分  特別講演3D Slicer, 臨床への応用 (Ron Kikinis/ 杉山　徹)
-*午後12時20分から午後1時0分　　昼食及び協賛会社商品紹介
-*午後1時0分から午後2時0分　  [[media:WhiteMatterExplorationNeurosurgicalPlanning_Madrid2012_SoniaPujol.pdf‎ | Neurosurgical Planning Tutorial]] (Sonia Pujol/波多伸彦)
-*午後2:00分から午後2:30分 Lecture  [http://dti-challenge.org The DTI tractography Challenge for Neurosurgical Planning] (Sonia Pujol)
-*午後2時30分から午後2時45分    質疑応答 Coffee break
-*午後2時45分から午後3時15分   胎児頭蓋内超音波画像のSegmentationの実際(小山理恵 )
-*午後3時15分から午後3時20分    3D Slicerを用いた先端医用画像研究(Sonia Pujol)
-*午後3時20分から午後3時30分   閉会の辞 (本田達也)
 ----
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 ==場所==
-*[http://www.iwate-med.ac.jp/en/ 岩手医科大学]　循環器医療センター10階（岩手銀行と歯学部との間）
+*
-岩手県盛岡市内丸19-1, 020-8505.
-岩手医科大学付属病院内, 周辺に有料駐車場が多数あります. しかし時間帶により混雑が予想されますので公共交通機関もしくは盛岡駅からの徒歩をお勧めします.
-===岩手医科大学内丸キャンパス===
-[[File:Campus_map_2.jpg]]
-===循環器医療センター===
+===滋賀医科大学===
-[[image:Memorial_Hart_Centar.jpg]]
 ==交通機関==
-*[http://www.iwate-med.ac.jp/en/en-access/ 新幹線, 航空路による盛岡までのアクセス]
-*盛岡駅から岩手医科大学までタクシーで5~10分、バス(バスセンター行き岩手銀行前で降車)10分、徒歩15~20分.
-==宿泊==
-*[http://www.jrhotelgroup.com/eng/hotel/eng105.html ホテルメトロポリタン盛岡　本館 ]
-*[http://www.route-inn.co.jp/english/pref/iwate.html ホテルルートイン盛岡駅前 ]
-*[http://www.moriokacityhotel.co.jp/newcity/ 盛岡ニューシティホテル]
-*[http://www.daiwaroynet.jp/english/locate.html ダイワロイネットホテル盛岡]
-*[http://www.hotelroyalmorioka.co.jp/ ホテルロイヤル盛岡]
 ==コースオーガーナイザー==
-*杉山　徹 岩手医科大学
+*Tohru Tani
-*[http://www.spl.harvard.edu/pages/People/noby 波多伸彦] Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
+*Atsushi Yamada
-*本田　達也 岩手医科大学
-*岩動　ちず子 岩手医科大学
-*小山　理恵 岩手医科大学
 ==講師==

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