Iwate 2013 Training

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Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer

Ultrasound Workshop at Iwate Medical University, April 10-11, 2013

The objective of this workshop is to learn to use 3D Slicer in medical research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and practice functional MRI (fMRI), diffusion tensor imaging (DTI) tractography, and image segmentation using real clinical data. They will first be taught how to use the Grow Cut Segmentation and Label Statistics Slicer modules using ordinary clinical ultrasound images. Attendees will be given a lecture by an expert in 3D Slicer using a Japanese language version of the tutorial slides. The workshop will be followed by a demonstration by an IGT researcher from Brigham and Women's Hospital modifying 3D Slicer to tailor its use to clinical applications. Another demonstration by Dr. Kazunori Baba, a clinical expert on ultrasound scanning from Saitama Medical Center, will follow. A plenary talk by Dr. Ron Kikinis is scheduled midway through the workshop

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Agenda

• April 10, 2013

• Target audience: Physicians, Fellows, and Residents

• 4:00-4:30 PM General topics on medical image processing and open source software (Ron Kikinis)
• 5:00 PM The state of the art in 3D Ultrasound and image workstation
• 5:00-5:30 PM Demonstration of Slicer (N. Hata/R. Oyama)
• 5:30-6:00 PM Tutorial preview
• 6:00-6:30 PM MRI, some fetal MRI data
• 6:30-7:30 PM Focus on 3D ultrasound visualization
• 7:00 PM Social event, attendee get together

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• April 11, 2013

• Target audience: Engineer, Radiologist, Neologist, Obstetrician, Gynecologist, Fellows, and Residents

• 9:00-9:30 AM Announcement (T. Sugiyama/N. Hata)
• 9:30-10:10 AM Registration (N. Hata. S. Pujol)
• 10:10-10:50 AM Python programing (N. Hata/S. Pujol)
• 10:50-11:00 AM Coffee brake
• 11:00-11:40 AM Open IGT Link tracker (N.Hata)
• 11:40-12:20 PM 3D visualization (N. Hata/S. Pujol)
• 12:20-1:00 PM Lunch
• 1:00-1:40 PM Special lecture : 3D Slicer and ultrasound (R. Kikinis)
• 1:40-2:20 PM Special lecture: 3D ultrasound visualization (K. Baba)
• 2:20-2:50 PM SAMSUNG, AZE
• 2:50-3:00 PM Announcement (N. Hata)

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Preparation

For this session, please download the following software and datasets

• Software:
  • 3DSlicer version 4.2.1 stable release
• Dataset
  • Manual Registration
  • Python programming
  • OpenIGTLinkIF
  • 3D Visualization
• Tutorial
  • Manual Registration
  • Python programing
  • Open IGT Link, tracker
  • 3D Data Loading and Visualization

Place

• Iwate Medical University, Memorial Heart Center (10th Floor)

19-1 Uchimaru, Morioka, Iwate, Japan 0208505

Parking available at Iwate Medical University Hospital and Memorial Heart Center Parking Garage

Campus map of Iwate Medical University

Memorial Heart Center

Access

• Directions

Accommodations

• Hotel Metropolitan Morioka
• Route-Inn Morioka Ekimae
• Morioka New City Hotel
• Daiwa Roynet Hotel Morioka
• Hotel Royal Morioka

Organizers

• Toru Sugiyama, Iwate Medical University
• Nobuhiko Hata, Brigham Women's Hospital and Harvard Medical School
• Tatsuya Honda, Iwate Medical University
• Chizuko Isurugi, Iwate Medical University
• Rie Oyama, Iwate Medical University

Lecturers

• Ron Kikinis, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School
• Nobuhiko Hata, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School
• Kazunori Baba, Saitama Medical Center, Saitama Medical University
• Rie Oyama, Iwate Medical University
• Sonia Pujol, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School

Sponsors

• AZE of America
• Japanese Company, TBD

Past Events

• 98th Annual Meeting of the Radiological Society of North America (RSNA 2012) Chicago, IL, USA

• Professor Ron Kikinis giving a lecture at the Slicer-Hands-On Meeting Tokyo Women’s Medical University in 2010.

• Lecture by Dr. Nobuhiko Hata at the Slicer-Hands-On Meeting Tokyo Women’s Medical University in 2010.

Registration

• Free
• To sign up for this event, please send your information (name, organization, type of operating system) by e-mail to Nobuhiko Hata, PhD (hata at bwh.harvard.edu).

Japanese Version

Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer

Ultrasound Workshop at Iwate Medical University, April 10-11, 2013.

このワークショップはオープンソースソフトウェア3D Slicer を用いて画像誘導手術向けシュミュレーション, ナビゲーション勿論のこと本会の特徴は従来の医用画像CT, MRIに加え超音波画像処理について臨床医（脳外科, 外科, 放射線科, 泌尿器科, 小児科, 産婦人科等）・工学者・大学院生の現場に見合った基礎を含めた実践講義を目的とした事です. 特に, この度は臨床産科超音波画像を用いGrow Cut Segmentation と Label Statistics のデモンストレーションを行います. 特別講演は埼玉医療センター教授　馬場一憲先生 とBrigham and Women's Hospital and Harvard Medical School 教授　Ron Kikinis 先生のお二方が3D超音波画像と3D Sliceについてレクチャーして下さいます. 馬場教授は3D超音波の開発, そしてRon 教授は3D Slicerの臨床用開発に携わり両教授は各分野でのエキスパートです. ワークショップは各々のパソコンにフトウェアをダンロードし, 皆さんが臨床で用いる画像データーを自身で3D Slicerにローデイングし先端画像処理を実践できます. ワークショップで用いるソフトウェアは無償でプログラムソースコードが公開されており, ソフトウェア終了後は皆さんのアイデアにより画像処理やシュミュレーション技術を探求する事が可能です. 同時に画層処理・技術探求について興味を抱いた方は講師からアドバイスを得る事が出来る機会でもあります. このワークショップは Brigham and Women's Hospital のIGT 研究所 の監修のもと開催されます.

日程

• ４月１０

ミニワークショップ

対象: 臨床医, 研修員, 大学院生

　

• 午後4時から午後4時30分 ワークショップの主旨である3D Slicerと医用画像の関連と展望 (Ron Kikins)
• 3D超音波画像ワークショップ
• 午後4時30分から午後５時　超音波画像を用いた3D Slicerのデモンストレーション(波多　伸彦/小山　理恵）
• 午後5時00分から午後５時30分　チュートリアルの用意と確認　(波多　伸彦）
• 午後5時30分から午後6時00分 Coffee brake
• 午後6時00分から午後6時30分 MRI の基礎知識と胎児 MRI の特徴　(波多　伸彦）
• 午後7時から同会場にて懇親会.

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• ４月１１日

メインワークショップ

対象: 工学関係者, 放射線科、脳神経内科・外科, 産婦人科, 研修員, 大学院生

• 午前9時から午前9時30分 主催者挨拶 (杉山　徹/波多伸彦)
• 午前9時30分から午前10時10分 Registration (波多伸彦/S. Pujol)
• 午前10時10分から午前10時50分 Python programing (波多伸彦/S. Pujol)
• 午前10時50分から午前11時　　 Coffee brake
• 午前11時から午前11時40分 　　 Open IGT Link tracker (波多伸彦)
• 午前11時40分から午後12時20分 3D visualization (波多伸彦/S. Pujol)
• 午後12時20分から午後1時　　　 昼食
• 午後1時から午後1時40 分　　　特別講演3D Slicer と超音波画像 (R. Kikinis)
• 午後1時40分から午後2時20分 　特別講演3D 超音波画像の構築(馬場)
• 午後2時20から午後2時50分　　 超音波機器説明(サムスン), 医用画像解析説明(AZE)
• 午後2時50分から午後3時00 分 　挨拶　 (波多伸彦)

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参加要領

参加者は 講義当日までに各自のノートブックパソコンに下記に記したSlicerをダウンロードしてインストールしてきください. インストールは通常の商用ソフトと同様自動です. 主として医師、研修医、技師、理工学大学院生を対象としてカリキュラムは組まれています. 当日は有線ケーブルよるネットワークへの接続を行います（無線LAN使用可能か確認中). 可能な限り参加者ご自身で予め3D Slicerソフトウェア，サンプルデータ, チュートリアル資料をダウンロードしてご持参下さい. お時間の無い方は会場にてインストールのお手伝いを致します. その場合は恐れ入りますが３０分前までには会場へお越し下さい.

• 3D Slicerソフトウェア
  • 3DSlicer version 4.2.1 stable release
• サンプルデーターセット
  • Manual Registration
  • Python programming
  • OpenIGTLinkIF
  • 3D Visualization
• チュートリアル
  • Manual Registration
  • Python programing
  • Open IGT Link, tracker
  • 3D Data Loading and Visualization
• Slicer日本語チュートリアル

以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部　陳研究室の木西基（もとい）さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。

• • 3D Slicerの基礎(PPT)日本語
  • データの読み込みと表示(PPT)日本語
  • 自動画像統合(PPT)日本語

場所

• 岩手医科大学　循環器医療センター10階（岩手銀行と歯学部との間）

岩手県盛岡市内丸19-1, 020-8505.

岩手医科大学付属病院内, 周辺に有料駐車場が多数あります. しかし時間帶により混雑が予想されますので公共交通機関もしくは盛岡駅からの徒歩をお勧めします.

岩手医科大学内丸キャンパス

　

循環器医療センター

交通機関

• 新幹線, 航空路による盛岡までのアクセス
• 盛岡駅から岩手医科大学までタクシーで5~10分、バス(バスセンター行き岩手銀行前で降車)10分、徒歩15~20分.

宿泊

• ホテルメトロポリタン盛岡　本館
• ホテルルートイン盛岡駅前
• 盛岡ニューシティホテル
• ダイワロイネットホテル盛岡
• ホテルロイヤル盛岡

コースオーガーナイザー

• 杉山　徹 岩手医科大学
• 波多伸彦 Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
• 本田　達也 岩手医科大学
• 岩動　ちず子 岩手医科大学
• 小山　理恵 岩手医科大学

講師

• Ron Kikinis Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
• 波多伸彦 Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
• 馬場一憲 埼玉医科大学総合医療センター
• 小山理恵 岩手医科大学
• Sonia Pujol Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School

協賛

• AZE of America
• 協賛企業

過去の国際セミナー

• 98回北米放射線学会 (RSNA 2012) シカゴ.

• Ron Kikinis教授の講演 Slicer-Hands-On Meeting 東京女子医科大学 2010.

• 波多伸彦准教授の講演 Slicer-Hands-On Meeting 東京女子医科大学 2010.

参加登録

• 参加費無料.
• 参加希望者はhata@bwh.harvard.eduまで名前, 所属, 使用パソコンのOSをお送りください.