Events:Slicer-Hands-On-Hiroshima-2011

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Image Guided Therapy Research using Open Source Free Software - 3D Slicer and OpenIGTLink hands-on workshop

at Hiroshima, Japan. The objective of this workshop is to learn the usage of 3D Slicer and OpenIGTLink specifically in the context of Image guided therapy research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and experience fMRI, DTI tractography, and image segmentation and registration using real clinical data. The lectured will be given by local Japanese expert in 3D Slicer using Japanese version of the tutorial slides. The workshop is followed by live demonstration by a IGT researcher from Brigham and Women's Hospital modifying 3D Slicer to tailor his need. A plenary talk by Dr. Kikinis is scheduled in the mid-point of this one day workshop.


Slicer Hands On Tutorial,March 16, 2010, Tokyo Women's Medical University DTI-Japanese.png



オープンソースソフトウェア　3D Slicer 画像誘導手術向けチュートリアル

講習会風景

コースの目的

このコースは、オープンソースソフトウェアSlicerを活用して画像誘導手術シミュレーション、ナビゲーション、医用画像処理について体験講義を行うことを目的としています。通常の講義とは異なり、実際に自分のパソコンにソフトウェアをダウンロードして、臨床で用いられている画像データを使いながら、直接「手」で先端研究を感じてもらうことがコースの目的です。コースで使用するソフトウェアは無償でプログラムソースコードが公開されており、コース終了後はこのソフトウェアを中心に研究を展開することができます。この展開方法についてもコース内で触れます。ハンズオンセミナーの質をあげるため、受講者に対する講師陣の人数を限りなく多くするようにとりはからっています。

コースのスピリット

本コースはオープンソースの理念にのっとり、準備委員会の議事録、講師、参加者のリスト、教材、配布ソフトウェアすべて公開でおこなっております。また、講師、参加社ともに自らの研究予算を活用して参加しています。また講師陣は若手研究者を中心に構成されており、彼らの参画はネットワーキング、キャリア補助の目的も兼ねています。是非、この機会に彼らの名前をお見知りおきください。

コースオーガナイザー

  • 広島大学　檜垣徹
  • Brigham and Women's Hospital and Harvard Medical School　波多伸彦

主催

協賛


過去の国際セミナー

講師 （主として日本国内のSlicerユーザ、開発者）

  • 檜垣徹（広島大学）
  • Ron Kikinis (ハーバード大学医学部教授）
  • 波多伸彦　（ハーバード大学医学部准教授）


日時、場所

  • 日時：2011年4月27日（水曜日）
  • 午前9時から午後4時まで
  • 場所：広島大学 霞キャンパス 広仁会館


参加定員 50名

=参加登録=

  • 参加費無料
  • 参加希望者はhiga@bwh.harvard.eduまで名前、所属、使用パソコンのOSをお送りください。

参加要領

  • 参加者は、講義当日までに各自のノートブックパソコンにSlicerをダウンロードしてインストールしてきてください。インストールは通常の商用ソフトと同様自動です。主として医師、研修医、技師、理工学大学院生を対象としてカリキュラムは組まれています。
  • 当日は無線LANによるネットワークへの接続を行います．使用パソコンが無線LANに対応していない場合は申込時に申告して下さい。
    • SSID，WEPキー，プロキシ設定は当日会場にてアナウンスします．
    • 回線の帯域に限りがありますので，必ず下記ソフトウェア，サンプルデータ，チュートリアル資料はダウンロードしてご持参下さい．
  • 講師の方も参加者の方も服装は、スマートカジュアルでリラックスして参加してください。

参加登録者リスト

受付は締め切りました．多数のご応募ありがとうございました． 受講希望にお応えできなかった先生方に心よりお詫び申し上げます．

講義シラバス（仮決定）

午前の部

  • 9:00 am - 9:10 am 開会、講師紹介（伊関洋）
  • 9:10 am - 9:30 am 環境確認（波多）
    • Slicerインストール確認
    • 受講のルール（途中でつまずいた際に積極的に講師のヘルプを求める事、受講内容が自分の研究ではどう活用できるかメモ書きする事）
    • ネットワークアクセス（方法の提示のみ）
  • 9:30 am - 10:15 am データの読み込みと表示 （日本語版スライド）(波多伸彦)
  • 10:15 am - 10:30 am Coffee-break
  • 10:30 am - 11:15 am 脳神経外科手術プランニング （日本語版スライド）(XXXX）
    • MRIデータの読み込み
    • fMRIデータの読み込み
    • 異種医用画像統合（剛性統合、変形統合）
  • 11:15 am - 12:00 pm 脳神経外科手術プランニング （日本語版スライド）(XXXXX)
    • 自動セグメンテーション
    • 腫瘍三次元モデルの作成
    • 異種医用画像統合
    • 脳アトラスの患者データへの統合
  • 12:00 -1pm AZEランチョンセミナー

特別講演

  • 1:00 - 2:00 pm 特別講演 "3D Slicer as a Research Platform for Medical Image Computing"
    • 演者　ハーバード大学医学部ブリガムアンドウィメンズ病院　Ron Kikinis
    • 英文抄録はこちら
    • Kikinis先生の和文経歴はこちら

午後の部

  • 2:00 - 2:15 pm バッファ
  • 2:15 - 3:00 pm 脳神経外科手術プランニング（パート２） （日本語版スライド）(XXXX)
    • 拡散協調画像から神経トラクトグラフィーの作成
    • ナビゲーションソフトウェアの作成
  • 3:10 - 3:40 pm Slicerを用いた研究モジュールの作り方、ライブデモ、日本語の詳細はこのリンクへ(XXXX）
  • 3:10 - 3:40 pm Slicerの研究活用 (XXXX)
  • 3:40 - 4:00 pm 質疑応答


参加準備

以下の参加準備は必ず参加当日までに済ませてください

作業1/2 Slicerのダウンロードとインストール

  • このリンクから下記のバージョンのスライサーを"release"からダウンロードしてください。
    • Windows: Slicer3-3.4-2009-05-21-win32.exe
    • Mac OSX Darwin PPC: Slicer3-3.4.2009-05-21-darwin-ppc.tar.gz
    • Mac OSX Darwin Intel: Slicer3-3.4.2009-05-21-darwin-x86.tar.gz
    • Linux x86: Slicer3-3.4.2009-05-21-linux-x86.tar.gz
    • Linux x86-64: Slicer3-3.4.2009-05-21-linux-x86_64.tar.gz

The instructions for installing the Slicer3 program （英文）にインストールの方法が記載されています。

  • 推奨インストール環境
    • Windows XP, Linux (x86 or x86_64), Mac OS (ppc or Intel)
    • 2GB以上のメモリを搭載し，128MB以上のビデオメモリを搭載していること．
    • メモリが少ない環境ではクラッシュを起こしがちなことが報告さてています。

作業 2/2 データのダウンロード

Slicer日本語チュートリアル

以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部　陳研究室の木西基（もとい）さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。

講師陣打ち合わせ会議

謝辞


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