Iwate 2013 Training

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Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer

Ultrasound Workshop at Iwate Medical University, April 10-11, 2013

The objective of this workshop is to learn to use 3D Slicer in medical research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and practice functional MRI (fMRI), diffusion tensor imaging (DTI) tractography, and image segmentation using real clinical data. They will first be taught how to use the Grow Cut Segmentation and Label Statistics Slicer modules using ordinary clinical ultrasound images. Attendees will be given a lecture by an expert in 3D Slicer using a Japanese language version of the tutorial slides. The workshop will be followed by a demonstration by an IGT researcher from Brigham and Women's Hospital modifying 3D Slicer to tailor its use to clinical applications. Another demonstration by Dr. Kazunori Baba, a clinical expert on ultrasound scanning from Saitama Medical Center, will follow. A plenary talk by Dr. Ron Kikinis is scheduled midway through the workshop

Agenda

  • April 10, 2013 Mini workshop/3D ultrasound
Target audience: Physicians, Fellows, and Residents
  • 4:00-4:15 PM Announcement (T. Sugiyama/N. Hata)
  • 4:15-4:45 PM General topics on medical image processing and open source software (Ron Kikinis)
  • 4:45-5:15 PM Demonstration of Slicer (N. Hata/R. Oyama)
  • 5:15-5:45 PM Tutorial preview
  • 5:45-6:00 PM Coffee break
  • 6:00-6:30 PM MRI, some fetal MRI data
  • 6:30-7:00 PM Focus on 3D ultrasound visualization
  • 7:00 PM Social event, attendee get together
  • April 11, 2013 Full workshop/3D Slicer
Target audience: Engineers, Radiologists, Neologists, Obstetricians, Gynecologists, Fellows, and Residents
  • 9:00-9:30 AM Announcement (T. Sugiyama/N. Hata)
  • 9:30-10:10 AM Registration (N. Hata./S. Pujol)
  • 10:10-10:50 AM Python programming (N. Hata/S. Pujol)
  • 10:50-11:00 AM Coffee break
  • 11:00-11:40 AM Open IGT Link tracker (N.Hata)
  • 11:40-12:20 PM 3D visualization (N. Hata/S. Pujol)
  • 12:20-1:00 PM Lunch
  • 1:00-1:40 PM Special lecture : 3D Slicer and ultrasound (R. Kikinis)
  • 1:40-2:20 PM Special lecture: 3D ultrasound visualization (K. Baba)
  • 2:20-2:50 PM Medical image, 3D ultrasound (AZE/SAMSUNG)
  • 2:50-3:00 PM Announcement (T. Sugiyama/N. Hata)

Preparation

For this session, please download the following software and datasets

Place

19-1 Uchimaru, Morioka, Iwate, Japan 0208505

Parking available at Iwate Medical University Hospital and Memorial Heart Center Parking Garage

Campus map of Iwate Medical University

Campus map.jpg


Memorial Heart Center

Memorial Hart Centar.jpg

Access

Accommodations

Organizers

  • Toru Sugiyama, Iwate Medical University
  • Nobuhiko Hata, Brigham Women's Hospital and Harvard Medical School
  • Tatsuya Honda, Iwate Medical University
  • Chizuko Isurugi, Iwate Medical University
  • Rie Oyama, Iwate Medical University

Lecturers

  • Ron Kikinis, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School
  • Nobuhiko Hata, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School
  • Kazunori Baba, Saitama Medical Center, Saitama Medical University
  • Rie Oyama, Iwate Medical University
  • Sonia Pujol, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School

Sponsors

Past Events

RSNA.jpg

DrKikinis.jpg

DrHata.jpg

Registration

  • Free
  • To sign up for this event, please send your information (name, organization, type of operating system) by e-mail to Nobuhiko Hata, PhD (hata@bwh.harvard.edu).

Japanese Version

Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer

Ultrasound Workshop at Iwate Medical University, April 10-11, 2013.

このワークショップはオープンソースソフトウェア3D Slicer を用いて画像誘導手術向けシュミュレーション, ナビゲーション勿論のこと本会の特徴は従来の医用画像CT, MRIに加え超音波画像処理について臨床医（脳外科, 外科, 放射線科, 泌尿器科, 小児科, 産婦人科等）・工学者・大学院生の現場に見合った基礎を含めた実践講義を目的とした事です. 特に, この度は臨床産科超音波画像を用いGrow Cut Segmentation と Label Statistics のデモンストレーションを行います. 特別講演は埼玉医療センター教授　馬場一憲先生 とBrigham and Women's Hospital and Harvard Medical School 教授　Ron Kikinis先生のお二方が3D超音波画像と3D Sliceについてレクチャーして下さいます. 馬場教授は3D超音波の開発, そしてRon 教授は3D Slicerの臨床用開発に携わり両教授は各分野でのエキスパートです. ワークショップは各々のパソコンにフトウェアをダンロードし, 皆さんが臨床で用いる画像データーを自身で3D Slicerにローデイングし先端画像処理を実践できます. ワークショップで用いるソフトウェアは無償でプログラムソースコードが公開されており, ソフトウェア終了後は皆さんのアイデアにより画像処理やシュミュレーション技術を探求する事が可能です. 同時に画層処理・技術探求について興味を抱いた方は講師からアドバイスを得る事が出来る機会でもあります. このワークショップは Brigham and Women's Hospital のIGT 研究所 の監修のもと開催されます.

日程

  • ４月１０日　ミニワークショップ/ワークショップ意義と3D超音波画像の応用
対象: 臨床医, 研修員, 大学院生
  • 午後4時から午後4時15分 開催挨拶(杉山　徹/波多　伸彦）
  • 午後4時15分から午後4時45分　ワークショップの主旨である3D Slicerと医用画像の関連と展望 (Ron Kikinis)
  • 午後4時45分から午後５時15分　超音波画像を用いた3D Slicerのデモンストレーション(波多　伸彦/小山　理恵）
  • 午後5時15分から午後5時45分 チュートリアルの用意と確認 Coffee break
  • 午後5時45分から午後6時00分 Coffee break
  • 午後6時00分から午後6時30分 MRI の基礎知識と胎児 MRI の特徴
  • 午後6時30分から午後7時00分 3D超音波画像
  • 午後7時から同会場にて懇親会.
  • ４月１１日　メインワークショップ/3D Slicerと3D超音波機器
対象: 工学関係者, 放射線科、脳神経内科・外科, 産婦人科, 研修員, 大学院生
  • 午前9時から午前9時30分 主催者挨拶 (杉山　徹/波多伸彦)
  • 午前9時30分から午前10時10分 Registration (波多伸彦/S. Pujol)
  • 午前10時10分から午前10時50分 Python programing (波多伸彦/S. Pujol)
  • 午前10時50分から午前11時　　 Coffee break
  • 午前11時から午前11時40分 　　 Open IGT Link tracker (波多伸彦)
  • 午前11時40分から午後12時20分 3D visualization (波多伸彦/S. Pujol)
  • 午後12時20分から午後1時　　　 昼食
  • 午後1時から午後1時40 分　　　 特別講演3D Slicer と超音波画像 (R. Kikinis)
  • 午後1時40分から午後2時20分 　特別講演3D 超音波画像の構築(馬場一憲)
  • 午後2時20から午後2時50分　　 医用画像, 3D超音波機器(AZE/サムスン)
  • 午後2時50分から午後3時00 分 主催者挨拶 (杉山　徹/波多伸彦)

参加要領

参加者は 講義当日までに各自のノートブックパソコンに下記に記したSlicerをダウンロードしてインストールしてきください. インストールは通常の商用ソフトと同様自動です. 主として医師、研修医、技師、理工学大学院生を対象としてカリキュラムは組まれています. 当日は有線ケーブルよるネットワークへの接続を行います（無線LAN使用可能か確認中). 可能な限り参加者ご自身で予め3D Slicerソフトウェア，サンプルデータ, チュートリアル資料をダウンロードしてご持参下さい. お時間の無い方は会場にてインストールのお手伝いを致します. その場合は恐れ入りますが３０分前までには会場へお越し下さい.

以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部　陳研究室の木西基（もとい）さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。

場所

  • 岩手医科大学　循環器医療センター10階（岩手銀行と歯学部との間）

岩手県盛岡市内丸19-1, 020-8505.

岩手医科大学付属病院内, 周辺に有料駐車場が多数あります. しかし時間帶により混雑が予想されますので公共交通機関もしくは盛岡駅からの徒歩をお勧めします.

岩手医科大学内丸キャンパス

Campus map 2.jpg　

循環器医療センター

Memorial Hart Centar.jpg

交通機関

宿泊

コースオーガーナイザー

  • 杉山　徹 岩手医科大学
  • 波多伸彦 Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
  • 本田　達也 岩手医科大学
  • 岩動　ちず子 岩手医科大学
  • 小山　理恵 岩手医科大学

講師

  • Ron Kikinis Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
  • 波多伸彦 Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
  • 馬場一憲 埼玉医科大学総合医療センター
  • 小山理恵 岩手医科大学
  • Sonia Pujol Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School

協賛

過去の国際セミナー

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参加登録

  • 参加費無料.
  • 参加希望者はhata@bwh.harvard.eduまで名前, 所属, 使用パソコンのOSをお送りください.
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