Shiga 2015 Workshop
Contents
- 1 English Version | Japanese Version
- 2 Japanese Version
- 3 謝辞
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Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer
Ultrasound Workshop at Iwate Medical University, April 10-11, 2013
The objective of this workshop is to learn to use 3D Slicer in medical research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and practice diffusion tensor imaging (DTI) tractography, and image segmentation using real clinical data. They will first be taught how to use the Grow Cut Segmentation and Label Statistics Slicer modules using ordinary clinical ultrasound images. Attendees will be given a lecture by an expert in 3D Slicer using a Japanese language version of the tutorial slides. The workshop will be followed by a demonstration by an IGT researcher from Brigham and Women's Hospital modifying 3D Slicer to tailor its use to clinical applications. Another demonstration by Dr. Kazunori Baba, a clinical expert on ultrasound scanning from Saitama Medical Center, will follow. A plenary talk by Dr. Ron Kikinis is scheduled midway through the workshop
Agenda
- April 10, 2013 Mini workshop/3D ultrasound
- Target audience: Physicians, Fellows, and Residents
- 4:00-4:15 PM Announcement (Akihiko Kikuchi/Nobuhiko Hata)
- 4:15-5:15 PM Special lecture General topics on medical image processing and open source software Abstract(Ron Kikinis/Nobuhiko Hata)
- 5:20-6:20 PM Special lecture 3D ultrasound visualization (Kazunori Baba/Akihiko Kikuchi)
- 6:20 -6:30 PM Discussion
- 6:35-6:55 PM Mini demonstration:Segmentation image of the fetal choroid plexus (Sonia Pujol/Rie Oyama)
- 7:00PM Social event, attendee get together
- April 11, 2013 Full workshop/3D Slicer
- Target audience: Engineers, Radiologists, Neologists, Obstetricians, Gynecologists, Neurosurgeons, Fellows, and Residents
- 9:00-9:10 AM Opening remarks by the organizer (Toru Sugiyama/Nobuhiko Hata)
- 9:10-10:20 AM Data Loading and 3D Visualization (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
- 10:20-11:20 AM Diffusion Tensor Imaging Tutorial (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
- 11:20-12:20 AM Special lecture: 3D Slicer for Clinical Research (Ron Kikinis) Moderator: Professor Sugiyama
- 12:20-1:00 PM Lunch and product demonstration by the industrial sponsors
- 1:00-2:00 PM Neurosurgical Planning Tutorial: white matter exploration of neurosurgical data (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
- 2:00-2:30 pm Lecture: The DTI tractography Challenge for Neurosurgical Planning (Sonia Pujol)
- 2:30-2:45 PM Discussion Coffee break
- 2:45-3:15PM Brain segmentation in fetal ultrasound (Rie Oyama)
- 3:15-3:20PM Medical Image processing research with Slicer (Sonia Pujol)
- 3:20- 3:30PM Closing remarks (Tatsuya Honda)
Preparation
For this session, please download the following software and datasets:
- Software
- Dataset
Place
- Iwate Medical University, Memorial Heart Center (10th Floor)
19-1 Uchimaru, Morioka, Iwate, Japan 0208505
Parking available at Iwate Medical University Hospital and Memorial Heart Center Parking Garage
Campus map of Iwate Medical University
Memorial Heart Center
Access
Accommodations
- Hotel Metropolitan Morioka
- Route-Inn Morioka Ekimae
- Morioka New City Hotel
- Daiwa Roynet Hotel Morioka
- Hotel Royal Morioka
Organizers
- Toru Sugiyama, Iwate Medical University
- Nobuhiko Hata, Brigham Women's Hospital and Harvard Medical School
- Tatsuya Honda, Iwate Medical University
- Chizuko Isurugi, Iwate Medical University
- Rie Oyama, Iwate Medical University
Lecturers
- Junichi Tokuda, Brigham and Women's Hospital Harvard Medical School
- Soichiro Tani, Brigham and Women's Hospital Harvard Medical School / Shiga University of Medical Science
- Koichiro Murakami, Shiga University of Medical Science
- Atsushi Yamada, Shiga University of Medical Science
Organizers
- Biomedical Innovation Center, Shiga University of Medical Science
- Shiga University of Medical Science
- National Alliance for Medical Image Computing
- National Center for Image Guided Therapy
Sponsors
Past Events
- Professor Ron Kikinis giving a lecture at the Slicer-Hands-On Meeting Tokyo Women’s Medical University in 2010.
- Lecture by Dr. Nobuhiko Hata at the Slicer-Hands-On Meeting Tokyo Women’s Medical University in 2010.
Registration
- Free
- To sign up for this event, please send your information (name, organization, type of operating system) by e-mail to Nobuhiko Hata, PhD (hata@bwh.harvard.edu).
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Japanese Version
Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer
xxx Workshop at Shiga University of Medical Science, March 26, 2015.
日程
- 3月26日 3D Slicerのxxxに関するワークショップ
- 午後1時から午後1時15分 開催挨拶(谷徹)
- 午後1時15分から午後2時15分 Junichi Tokuda, PhD
- 午後2時15分から午後3時15分 Soichito Tani, MD
- 午後3時15分から午後4時15分 Koichiro Murakami, MD PhD
- 午後4時15分から Discussion
参加要領
参加者は 講義当日までに各自のノートブックパソコンに下記に記したSlicerをダウンロードしてインストールしてきください. インストールは通常の商用ソフトと同様自動です. 主として医師、研修医、技師、理工学大学院生を対象としてカリキュラムは組まれています. 当日は有線ケーブルよるネットワークへの接続を行います(無線,有線LAN対応可). 可能な限り参加者ご自身で予め3D Slicerソフトウェア,サンプルデータ, チュートリアル資料をダウンロードしてご持参下さい. お時間の無い方は会場にてインストールのお手伝いを致します. その場合は恐れ入りますが30分前までには会場へお越し下さい.
- 3D Slicerソフトウェア
- データーセット
- チュートリアル
- Slicer日本語チュートリアル
以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部 陳研究室の木西基(もとい)さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。
- 3D Slicerの基礎(PPT)日本語
- データの読み込みと表示(PPT)日本語
- 自動画像統合(PPT)日本語
場所
滋賀医科大学
交通機関
コースオーガーナイザー
- Tohru Tani
- Atsushi Yamada
講師
- Ron Kikinis Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School, **Kikinis先生の和文経歴はこちら
- 波多伸彦 Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
- 馬場一憲 埼玉医科大学総合医療センター
- Sonia Pujol Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
- 小山理恵 岩手医科大学
主催
- 岩手医科大学医学部産婦人科学教室
- Brigham and Women's Hospital
- 米国医用画像解析連合 National Alliance for Medical Image Computing
- 米国画像誘導手術センター National Center for Image Guided Therapy
- がんプロフェッショナル養成基盤推進プラン
協賛
過去の国際セミナー
- Ron Kikinis教授の講演 Slicer-Hands-On Meeting 東京女子医科大学 2010.
- 波多伸彦准教授の講演 Slicer-Hands-On Meeting 東京女子医科大学 2010.
参加登録
- 参加費無料
- 参加希望者はroyama@bwh.harvard.eduまで名前, 所属, 使用パソコンのOSをお送りください.
- 締切り:4/8(月)
- 定員:20名程度
参加者リスト
- 1.伊藤 賢司 岩手医科大学 医歯薬総合研究所 超高磁場MRI診断・病態研究部門
- 2.アデルジャン・イミティ 岩手大学 工学研究科 機械・社会環境システム工学専攻
- 3.山下 典生 岩手医科大学 医歯薬総合研究所 超高磁場MRI診断・病態研究部門
- 4.黒田 敬 岩手医科大学形成外科学講座
- 5.柏谷 元 岩手医科大学形成外科学講座
- 6.別府 高明 岩手医科大学脳神経外科学講座
- 7.岩動(いするぎ)ちず子 岩手医科大学産婦人科学講座
- 8.千田 英之 岩手医科大学産婦人科学講座
- 9.古武 陽子 岩手医科大学産婦人科学講座
- 10.内田玉男 サムスン電子ジャパン
- 11.武田梨梨江 サムスン電子ジャパン
- 12苫米地牧子 岩手医科大学放射線科学講座
- 13Keisuke Kakisaka 岩手医科大学消化器内科学講座
- 14樋口さとみ 岩手医科大学 超高磁場MRI診断・病態研究部
謝辞
ワークショップ開催に至りご理解して下さいました岩手医科大学医学部部長 小林誠一郎教授. ワークショップ参加にご協力して下さいました岩手大学機械システム工学科 萩原義宏准教授. 岩手医科大学医学部 超高磁場先端MRI研究所 佐々木 真理教授.
会場ネットワーク設定は有限会社ヤマダプランニング様. 皆様に深く感謝致します.
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