Difference between revisions of "Projects:QIN:3D Slicer Annotation Image Markup:Standard Terminology"
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Revision as of 03:46, 18 September 2012
Home < Projects:QIN:3D Slicer Annotation Image Markup:Standard TerminologyThis is a collection of relevant pieces from:
Contents
Segmentation image module attributes
Segmentation image module attributes must in particular include the following (PS 3.3-2011, p.989):
Code sequence attributes
General Anatomy Macro
The General Anatomy Macro is defined as follows (PS 3.3-2011, p.96):
Coding Scheme Designators
NOTE: this table is incomplete, consult PS 3.16-2011 p.43.
RadLex
- General information: http://rsna.org/RadLex.aspx
- License: http://rsna.org/uploadedFiles/RSNA/Content/Informatics/radlex_public_license_version_1-0-1.pdf
- Example hierarchy of the term mapping from RadLex browser (liver: http://www.radlex.org/RID/RID13419):
SNOMED
David Clunie in email communication Sept 17, 2012:
he agreement with SNOMED is ti allow any implementer to use the terms included in DICOM in their implementations and products without fee; it is not just to be able to include them in the text of the standard documents. So, since Sliver would be using the concepts to include in a DICOM SEG object, you do not need any additional agreement, nor any agreement with SNOMED to distribute the source code (my PixelMed Java DICOM toolkit is full of SNOMED codes, for example, and I neither have not need such an additional agreement).
Mapping Slicer GeneralAnatomy LUT to Standard Terminology (work in progress)
Original GeneralAnatomy LUT see here: http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer3:2010_GenericAnatomyColors
| integer_label | text_label | color | notes | anatomic region | anatomic region modifier | primary anatomic structure | primary anatomic structure modifier | segmented property category - CID 7150 | segmented property type | segmented property type modifier |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 0 | background | rgba(0,0,0,0) | ||||||||
| 1 | tissue | rgb(128,174,128) | Default label for bodily tissues | |||||||
| 2 | bone | rgb(241,214,145) | ||||||||
| 3 | skin | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 4 | connective tissue | rgb(111,184,210) | ||||||||
| 5 | blood | rgb(216,101,79) | ||||||||
| 6 | organ | rgb(221,130,101) | ||||||||
| 7 | mass | rgb(144,238,144) | Could be tumor or other lesion | |||||||
| 8 | muscle | rgb(192,104,88) | ||||||||
| 9 | foreign object | rgb(220,245,20) | Implants, surical instruments, table... | |||||||
| 10 | waste | rgb(78,63,0) | ||||||||
| 11 | teeth | rgb(255,250,220) | ||||||||
| 12 | fat | rgb(230,220,70) | ||||||||
| 13 | gray matter | rgb(200,200,235) | ||||||||
| 14 | white matter | rgb(250,250,210) | ||||||||
| 15 | nerve | rgb(244,214,49) | ||||||||
| 16 | vein | rgb(0,151,206) | ||||||||
| 17 | artery | rgb(216,101,79) | ||||||||
| 18 | capillary | rgb(183,156,220) | ||||||||
| 19 | ligament | rgb(183,214,211) | ||||||||
| 20 | tendon | rgb(152,189,207) | ||||||||
| 21 | cartilage | rgb(111,184,210) | ||||||||
| 22 | meniscus | rgb(178,212,242) | ||||||||
| 23 | lymph node | rgb(68,172,100) | ||||||||
| 24 | lymphatic vessel | rgb(111,197,131) | ||||||||
| 25 | cerebro-spinal fluid | rgb(85,188,255) | ||||||||
| 26 | bile | rgb(0,145,30) | ||||||||
| 27 | urine | rgb(214,230,130) | ||||||||
| 28 | feces | rgb(78,63,0) | ||||||||
| 29 | gas | rgb(218,255,255) | ||||||||
| 30 | fluid | rgb(170,250,250) | ||||||||
| 31 | edema | rgb(140,224,228) | ||||||||
| 32 | bleeding | rgb(188,65,28) | ||||||||
| 33 | necrosis | rgb(216,191,216) | ||||||||
| 34 | clot | rgb(145,60,66) | ||||||||
| 35 | embolism | rgb(150,98,83) | ||||||||
| 36 | head | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 37 | central nervous system | rgb(244,214,49) | ||||||||
| 38 | brain | rgb(250,250,225) | ||||||||
| 39 | gray matter of brain | rgb(200,200,215) | ||||||||
| 40 | telencephalon | rgb(68,131,98) | ||||||||
| 41 | cerebral cortex | rgb(128,174,128) | ||||||||
| 42 | right frontal lobe | rgb(83,146,164) | ||||||||
| 43 | left frontal lobe | rgb(83,146,164) | ||||||||
| 44 | right temporal lobe | rgb(162,115,105) | ||||||||
| 45 | left temporal lobe | rgb(162,115,105) | ||||||||
| 46 | right parietal lobe | rgb(141,93,137) | ||||||||
| 47 | left parietal lobe | rgb(141,93,137) | ||||||||
| 48 | right occipital lobe | rgb(182,166,110) | ||||||||
| 49 | left occipital lobe | rgb(182,166,110) | ||||||||
| 50 | right insular lobe | rgb(188,135,166) | ||||||||
| 51 | left insular lobe | rgb(188,135,166) | ||||||||
| 52 | right limbic lobe | rgb(154,150,201) | ||||||||
| 53 | left limbic lobe | rgb(154,150,201) | ||||||||
| 54 | right striatum | rgb(177,140,190) | ||||||||
| 55 | left striatum | rgb(177,140,190) | ||||||||
| 56 | right caudate nucleus | rgb(30,111,85) | ||||||||
| 57 | left caudate nucleus | rgb(30,111,85) | ||||||||
| 58 | right putamen | rgb(210,157,166) | ||||||||
| 59 | left putamen | rgb(210,157,166) | ||||||||
| 60 | right pallidum | rgb(48,129,126) | ||||||||
| 61 | left pallidum | rgb(48,129,126) | ||||||||
| 62 | right amygdaloid complex | rgb(98,153,112) | ||||||||
| 63 | left amygdaloid complex | rgb(98,153,112) | ||||||||
| 64 | diencephalon | rgb(69,110,53) | ||||||||
| 65 | thalamus | rgb(166,113,137) | ||||||||
| 66 | right thalamus | rgb(122,101,38) | ||||||||
| 67 | left thalamus | rgb(122,101,38) | ||||||||
| 68 | pineal gland | rgb(253,135,192) | ||||||||
| 69 | midbrain | rgb(145,92,109) | ||||||||
| 70 | substantia nigra | rgb(46,101,131) | ||||||||
| 71 | right substantia nigra | rgb(0,108,112) | ||||||||
| 72 | left substantia nigra | rgb(0,108,112) | ||||||||
| 73 | cerebral white matter | rgb(250,250,225) | ||||||||
| 74 | right superior longitudinal fasciculus | rgb(127,150,88) | ||||||||
| 75 | left superior longitudinal fasciculus | rgb(127,150,88) | ||||||||
| 76 | right inferior longitudinal fasciculus | rgb(159,116,163) | ||||||||
| 77 | left inferior longitudinal fasciculus | rgb(159,116,163) | ||||||||
| 78 | right arcuate fasciculus | rgb(125,102,154) | ||||||||
| 79 | left arcuate fasciculus | rgb(125,102,154) | ||||||||
| 80 | right uncinate fasciculus | rgb(106,174,155) | ||||||||
| 81 | left uncinate fasciculus | rgb(106,174,155) | ||||||||
| 82 | right cingulum bundle | rgb(154,146,83) | ||||||||
| 83 | left cingulum bundle | rgb(154,146,83) | ||||||||
| 84 | projection fibers | rgb(126,126,55) | ||||||||
| 85 | right corticospinal tract | rgb(201,160,133) | ||||||||
| 86 | left corticospinal tract | rgb(201,160,133) | ||||||||
| 87 | right optic radiation | rgb(78,152,141) | ||||||||
| 88 | left optic radiation | rgb(78,152,141) | ||||||||
| 89 | right medial lemniscus | rgb(174,140,103) | ||||||||
| 90 | left medial lemniscus | rgb(174,140,103) | ||||||||
| 91 | right superior cerebellar peduncle | rgb(139,126,177) | ||||||||
| 92 | left superior cerebellar peduncle | rgb(139,126,177) | ||||||||
| 93 | right middle cerebellar peduncle | rgb(148,120,72) | ||||||||
| 94 | left middle cerebellar peduncle | rgb(148,120,72) | ||||||||
| 95 | right inferior cerebellar peduncle | rgb(186,135,135) | ||||||||
| 96 | left inferior cerebellar peduncle | rgb(186,135,135) | ||||||||
| 97 | optic chiasm | rgb(99,106,24) | ||||||||
| 98 | right optic tract | rgb(156,171,108) | ||||||||
| 99 | left optic tract | rgb(156,171,108) | ||||||||
| 100 | right fornix | rgb(64,123,147) | ||||||||
| 101 | left fornix | rgb(64,123,147) | ||||||||
| 102 | commissural fibers | rgb(138,95,74) | ||||||||
| 103 | corpus callosum | rgb(97,113,158) | ||||||||
| 104 | posterior commissure | rgb(126,161,197) | ||||||||
| 105 | cerebellar white matter | rgb(194,195,164) | ||||||||
| 106 | CSF space | rgb(85,188,255) | ||||||||
| 107 | ventricles of brain | rgb(88,106,215) | ||||||||
| 108 | right lateral ventricle | rgb(88,106,215) | ||||||||
| 109 | left lateral ventricle | rgb(88,106,215) | ||||||||
| 110 | right third ventricle | rgb(88,106,215) | ||||||||
| 111 | left third ventricle | rgb(88,106,215) | ||||||||
| 112 | cerebral aqueduct | rgb(88,106,215) | ||||||||
| 113 | fourth ventricle | rgb(88,106,215) | ||||||||
| 114 | subarachnoid space | rgb(88,106,215) | ||||||||
| 115 | spinal cord | rgb(244,214,49) | ||||||||
| 116 | gray matter of spinal cord | rgb(200,200,215) | ||||||||
| 117 | white matter of spinal cord | rgb(250,250,225) | ||||||||
| 118 | endocrine system of brain | rgb(82,174,128) | ||||||||
| 119 | pituitary gland | rgb(57,157,110) | ||||||||
| 120 | adenohypophysis | rgb(60,143,83) | ||||||||
| 121 | neurohypophysis | rgb(92,162,109) | ||||||||
| 122 | meninges | rgb(255,244,209) | ||||||||
| 123 | dura mater | rgb(255,244,209) | ||||||||
| 124 | arachnoid | rgb(255,244,209) | ||||||||
| 125 | pia mater | rgb(255,244,209) | ||||||||
| 126 | muscles of head | rgb(201,121,77) | ||||||||
| 127 | salivary glands | rgb(70,163,117) | ||||||||
| 128 | lips | rgb(188,91,95) | ||||||||
| 129 | nose | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 130 | tongue | rgb(166,84,94) | ||||||||
| 131 | soft palate | rgb(182,105,107) | ||||||||
| 132 | right inner ear | rgb(229,147,118) | ||||||||
| 133 | left inner ear | rgb(229,147,118) | ||||||||
| 134 | right external ear | rgb(174,122,90) | ||||||||
| 135 | left external ear | rgb(174,122,90) | ||||||||
| 136 | right middle ear | rgb(201,112,73) | ||||||||
| 137 | left middle ear | rgb(201,112,73) | ||||||||
| 138 | right eyeball | rgb(194,142,0) | ||||||||
| 139 | left eyeball | rgb(194,142,0) | ||||||||
| 140 | skull | rgb(241,213,144) | ||||||||
| 141 | right frontal bone | rgb(203,179,77) | ||||||||
| 142 | left frontal bone | rgb(203,179,77) | ||||||||
| 143 | right parietal bone | rgb(229,204,109) | ||||||||
| 144 | left parietal bone | rgb(229,204,109) | ||||||||
| 145 | right temporal bone | rgb(255,243,152) | ||||||||
| 146 | left temporal bone | rgb(255,243,152) | ||||||||
| 147 | right sphenoid bone | rgb(209,185,85) | ||||||||
| 148 | left sphenoid bone | rgb(209,185,85) | ||||||||
| 149 | right ethmoid bone | rgb(248,223,131) | ||||||||
| 150 | left ethmoid bone | rgb(248,223,131) | ||||||||
| 151 | occipital bone | rgb(255,230,138) | ||||||||
| 152 | maxilla | rgb(196,172,68) | ||||||||
| 153 | right zygomatic bone | rgb(255,255,167) | ||||||||
| 154 | right lacrimal bone | rgb(255,250,160) | ||||||||
| 155 | vomer bone | rgb(255,237,145) | ||||||||
| 156 | right palatine bone | rgb(242,217,123) | ||||||||
| 157 | left palatine bone | rgb(242,217,123) | ||||||||
| 158 | mandible | rgb(222,198,101) | ||||||||
| 159 | neck | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 160 | muscles of neck | rgb(213,124,109) | ||||||||
| 161 | pharynx | rgb(184,105,108) | ||||||||
| 162 | larynx | rgb(150,208,243) | ||||||||
| 163 | thyroid gland | rgb(62,162,114) | ||||||||
| 164 | right parathyroid glands | rgb(62,162,114) | ||||||||
| 165 | left parathyroid glands | rgb(62,162,114) | ||||||||
| 166 | skeleton of neck | rgb(242,206,142) | ||||||||
| 167 | hyoid bone | rgb(250,210,139) | ||||||||
| 168 | cervical vertebral column | rgb(255,255,207) | ||||||||
| 169 | thorax | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 170 | trachea | rgb(182,228,255) | ||||||||
| 171 | bronchi | rgb(175,216,244) | ||||||||
| 172 | right lung | rgb(197,165,145) | ||||||||
| 173 | left lung | rgb(197,165,145) | ||||||||
| 174 | superior lobe of right lung | rgb(172,138,115) | ||||||||
| 175 | superior lobe of left lung | rgb(172,138,115) | ||||||||
| 176 | middle lobe of right lung | rgb(202,164,140) | ||||||||
| 177 | inferior lobe of right lung | rgb(224,186,162) | ||||||||
| 178 | inferior lobe of left lung | rgb(224,186,162) | ||||||||
| 179 | pleura | rgb(255,245,217) | ||||||||
| 180 | heart | rgb(206,110,84) | ||||||||
| 181 | right atrium | rgb(210,115,89) | ||||||||
| 182 | left atrium | rgb(203,108,81) | ||||||||
| 183 | atrial septum | rgb(233,138,112) | ||||||||
| 184 | ventricular septum | rgb(195,100,73) | ||||||||
| 185 | right ventricle of heart | rgb(181,85,57) | ||||||||
| 186 | left ventricle of heart | rgb(152,55,13) | ||||||||
| 187 | mitral valve | rgb(159,63,27) | ||||||||
| 188 | tricuspid valve | rgb(166,70,38) | ||||||||
| 189 | aortic valve | rgb(218,123,97) | ||||||||
| 190 | pulmonary valve | rgb(225,130,104) | ||||||||
| 191 | aorta | rgb(224,97,76) | ||||||||
| 192 | pericardium | rgb(255,244,209) | ||||||||
| 193 | pericardial cavity | rgb(184,122,154) | ||||||||
| 194 | esophagus | rgb(211,171,143) | ||||||||
| 195 | thymus | rgb(47,150,103) | ||||||||
| 196 | mediastinum | rgb(255,244,209) | ||||||||
| 197 | skin of thoracic wall | rgb(173,121,88) | ||||||||
| 198 | muscles of thoracic wall | rgb(188,95,76) | ||||||||
| 199 | skeleton of thorax | rgb(255,239,172) | ||||||||
| 200 | thoracic vertebral column | rgb(226,202,134) | ||||||||
| 201 | ribs | rgb(253,232,158) | ||||||||
| 202 | sternum | rgb(244,217,154) | ||||||||
| 203 | right clavicle | rgb(205,179,108) | ||||||||
| 204 | left clavicle | rgb(205,179,108) | ||||||||
| 205 | abdominal cavity | rgb(186,124,161) | ||||||||
| 206 | abdomen | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 207 | peritoneum | rgb(255,255,220) | ||||||||
| 208 | omentum | rgb(234,234,194) | ||||||||
| 209 | peritoneal cavity | rgb(204,142,178) | ||||||||
| 210 | retroperitoneal space | rgb(180,119,153) | ||||||||
| 211 | stomach | rgb(216,132,105) | ||||||||
| 212 | duodenum | rgb(255,253,229) | ||||||||
| 213 | small bowel | rgb(205,167,142) | ||||||||
| 214 | colon | rgb(204,168,143) | ||||||||
| 215 | anus | rgb(255,224,199) | ||||||||
| 216 | liver | rgb(221,130,101) | ||||||||
| 217 | biliary tree | rgb(0,145,30) | ||||||||
| 218 | gallbladder | rgb(139,150,98) | ||||||||
| 219 | pancreas | rgb(249,180,111) | ||||||||
| 220 | spleen | rgb(157,108,162) | ||||||||
| 221 | urinary system | rgb(203,136,116) | ||||||||
| 222 | right kidney | rgb(185,102,83) | ||||||||
| 223 | left kidney | rgb(185,102,83) | ||||||||
| 224 | right ureter | rgb(247,182,164) | ||||||||
| 225 | left ureter | rgb(247,182,164) | ||||||||
| 226 | urinary bladder | rgb(222,154,132) | ||||||||
| 227 | urethra | rgb(124,186,223) | ||||||||
| 228 | right adrenal gland | rgb(249,186,150) | ||||||||
| 229 | left adrenal gland | rgb(249,186,150) | ||||||||
| 230 | female internal genitalia | rgb(244,170,147) | ||||||||
| 231 | uterus | rgb(255,181,158) | ||||||||
| 232 | right fallopian tube | rgb(255,190,165) | ||||||||
| 233 | left fallopian tube | rgb(227,153,130) | ||||||||
| 234 | right ovary | rgb(213,141,113) | ||||||||
| 235 | left ovary | rgb(213,141,113) | ||||||||
| 236 | vagina | rgb(193,123,103) | ||||||||
| 237 | male internal genitalia | rgb(216,146,127) | ||||||||
| 238 | prostate | rgb(230,158,140) | ||||||||
| 239 | right seminal vesicle | rgb(245,172,147) | ||||||||
| 240 | left seminal vesicle | rgb(245,172,147) | ||||||||
| 241 | right deferent duct | rgb(241,172,151) | ||||||||
| 242 | left deferent duct | rgb(241,172,151) | ||||||||
| 243 | skin of abdominal wall | rgb(177,124,92) | ||||||||
| 244 | muscles of abdominal wall | rgb(171,85,68) | ||||||||
| 245 | skeleton of abdomen | rgb(217,198,131) | ||||||||
| 246 | lumbar vertebral column | rgb(212,188,102) | ||||||||
| 247 | female external genitalia | rgb(185,135,134) | ||||||||
| 248 | male external genitalia | rgb(185,135,134) | ||||||||
| 249 | skeleton of upper limb | rgb(198,175,125) | ||||||||
| 250 | muscles of upper limb | rgb(194,98,79) | ||||||||
| 251 | right upper limb | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 252 | left upper limb | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 253 | right shoulder | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 254 | left shoulder | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 255 | right arm | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 256 | left arm | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 257 | right elbow | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 258 | left elbow | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 259 | right forearm | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 260 | left forearm | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 261 | right wrist | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 262 | left wrist | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 263 | right hand | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 264 | left hand | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 265 | skeleton of lower limb | rgb(255,238,170) | ||||||||
| 266 | muscles of lower limb | rgb(206,111,93) | ||||||||
| 267 | right lower limb | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 268 | left lower limb | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 269 | right hip | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 270 | left hip | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 271 | right thigh | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 272 | left thigh | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 273 | right knee | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 274 | left knee | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 275 | right leg | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 276 | left leg | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 277 | right foot | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 278 | left foot | rgb(177,122,101) | ||||||||
| 279 | peripheral nervous system | rgb(216,186,0) | ||||||||
| 280 | autonomic nerve | rgb(255,226,77) | ||||||||
| 281 | sympathetic trunk | rgb(255,243,106) | ||||||||
| 282 | cranial nerves | rgb(255,234,92) | ||||||||
| 283 | vagus nerve | rgb(240,210,35) | ||||||||
| 284 | peripheral nerve | rgb(224,194,0) | ||||||||
| 285 | circulatory system | rgb(213,99,79) | ||||||||
| 286 | systemic arterial system | rgb(217,102,81) | ||||||||
| 287 | systemic venous system | rgb(0,147,202) | ||||||||
| 288 | pulmonary arterial system | rgb(0,122,171) | ||||||||
| 289 | pulmonary venous system | rgb(186,77,64) | ||||||||
| 290 | lymphatic system | rgb(111,197,131) | ||||||||
| 291 | needle | rgb(240,255,30) | ||||||||
| 292 | region 0 | rgb(185,232,61) | ||||||||
| 293 | region 1 | rgb(0,226,255) | ||||||||
| 294 | region 2 | rgb(251,159,255) | ||||||||
| 295 | region 3 | rgb(230,169,29) | ||||||||
| 296 | region 4 | rgb(0,194,113) | ||||||||
| 297 | region 5 | rgb(104,160,249) | ||||||||
| 298 | region 6 | rgb(221,108,158) | ||||||||
| 299 | region 7 | rgb(137,142,0) | ||||||||
| 300 | region 8 | rgb(230,70,0) | ||||||||
| 301 | region 9 | rgb(0,147,0) | ||||||||
| 302 | region 10 | rgb(0,147,248) | ||||||||
| 303 | region 11 | rgb(231,0,206) | ||||||||
| 304 | region 12 | rgb(129,78,0) | ||||||||
| 305 | region 13 | rgb(0,116,0) | ||||||||
| 306 | region 14 | rgb(0,0,255) | ||||||||
| 307 | region 15 | rgb(157,0,0) | ||||||||
| 308 | unknown | rgb(100,100,130) | ||||||||
| 309 | cyst | rgb(205,205,100) |
Inherit RGB colors from LUT (note that Segmentation objects allow to encode recommended display color in "Recommended Display CIELab Value" (0062,000D) attribute; these values are encoded in CIALab).
