2016 Winter Project Week/Projects/TrackedUltrasoundStandardization

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  Projects List

Key Investigators

• Andras Lasso, Tamas Ungi (PerkLab, Queen's University)
• Christian Askeland, Ingerid Reinertsen, Ole Vegard Solberg (CustusX, IGT research, SINTEF)
• Simon Drouin (Mcgill University, Montreal, Canada)
• Junichi Tokuda (BWH)
• Steve Pieper (Isomics)
• Adam Rankin (VASST Laboratory, Western University, Canada)
• Thomas Kirchner, Janek Gröhl (MITK, DKFZ, Heidelberg, Germany)

Project Description

Objective	Approach and Plan	Progress and Next Steps
Establish a common software platform for tracked ultrasound and image-guided interventions by converging existing IGT toolkits: 3D Slicer, SlicerIGT extension Plus toolkit CustusX IBIS Echelon MITK-IGT	Pre-Project Week online meetings and emails Notes below Design document from SINTEF Coordination with the CommonTK effort Survey of current implementations and use cases Development of long-term development practices to encourage collaboration	Minutes of preparation meetings Live meeting minutes

OpenIGTLink Revisions

Tracked ultrasound OpenIGTLink client

• Move out part of OpenIGTLinkIF
• Only use OpenIGTLink and VTK

Command

• COMMAND
  • Command ID (uint32) 4
  • Command name (uint8[32]) 32
  • Content encoding (uint16) 2
  • Content (uint8*) - rest of the body

• RTS_COMMAND: (return to sender command, acknowledgement mechanism)
  • Command ID (uint32) 4
  • Command status (uint8[32]) 32
  • Content encoding (uint16) 2
  • Content (uint8*) - rest of the body

Meta Data

Header V1

Bytes
0   2                       14                                      34              42              50              58
+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+
| V | TYPE                  | DEVICE_NAME                           | TIME_STAMP    | BODY_SIZE     | CRC64         |
+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+

Header V2

#Bytes HEADER_FIELD

+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-
0 V 2 TYPE 14 DEV_NAME 34 TS 42 BODY_SIZE 50 CRC64 58 EXT_HEADER_SIZE 60 METADATA_SIZE 64 MSG_ID 68 RV 72 CONTENT… | METADATA… |
+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-

• V = VERSION
• DEV_NAME = DEVICE_NAME
• RV = RESERVED

EXT_HEADER

v1 header (58 bytes) + new header (EXT_HEADER_SIZE bytes)

CONTENT (=v1 body)

BODY_SIZE - EXT_HEADER_SIZE - METADATA_SIZE

METADATA

#Bytes HEADER_FIELD

+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+
|INDEX_COUNT (uint16) | KEY_SIZE (uint16) | VALUE_ENCODING (uint16) | VALUE_SIZE (uint32) | … | KEY | VALUE | … |
+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+-+

VALUE_ENCODING

As specified at http://www.iana.org/assignments/character-sets/character-sets.xhtml

BODY

Contains extended header data, message content, and metadata.

Implementation plan

Github Fork

OpenIGTLinkIF fork [1]

Tasks

• Clean up the vtkMRMLIGTLConnectorNode to be logic, MRML and Slicer free
• Creating a new converter base class which does not depend on MRML
• Implementation of the new Command Message

PLUS

• Interson probe settings [2]
• Interson class cleanup [3]
• Get/Set TGC support for US devices [4]
• Get transform over OpenIGTLink [5]

CustusX

• Example CustusX class [6]

Presentations

• Adam Rankin, Robarts Research Institute
• Andras Lasso, PerkLab, Queen's University
• Thomas Kirchner, CAI group, German Cancer Research Center